Tu n´as plus besoin du lecteur CD, alors, le graveur fait le boulot.
Bon, ce que tu fais (vérifier ou ajuste si nécessaire) :
- Une nappe IDE qui branche les deux disques dur, reliée au port IDE Primary de ta carte mère (et j´ai bien dit : Primary). Le disque dur sur lequel est installé Windows a pour position de cavalier "Master" (ou "master with slave" suivant les PCB), l´autre a pour position de cavalier "Slave".
- Une nappe IDE qui branche ton graveur au port IDE Secondary de ta carte mère, avec comme position de cavalier sur ce graveur "Master" (ou "Master only" si existant).
Rappel : cavalier 
http://www.coupdepoucepc.com/images_cdppc4/fichespratiques/hardware/ide/ide2.jpg
Qui sera à changer si nécessaire à peu près ici :
http://www.dancetech.com/aa_dt_new/articles/pc_build_xp2000_kt333/drives/build_pc_xp2000_maxtor_40gb_jumper_matchup.jpg
Bien entendu, tu n´oublies pas de brancher les prises Molex (
http://www.dancetech.com/aa_dt_new/articles/pc_build_xp2000_kt333/drives/build_pc_xp2000_maxtor_40gb_jumper_matchup.jpg ) et tout ira bien.