pas besoin de réencoder ta video!
si la video n´est pas destinée à être lue sur une platine numérique de salon, il suffit juste de prendre l´avi que tu ouvres dans mkvtoolnix, tu prends le fichier des sous-titres que tu rajoutes dans mkvtoolnix, et hop on obtient un mkv au final ( qui chez toi ce sera donc juste ton avi initial + les sous-titres )