"- le FAT est un brevet Microsoft, pourquoi un OS libre utiliserait une telle technologie propriétaire ?"
Microsoft n´a pas mis de brevet sur FAT, elle a essayé d´en mettre un en 2003, mais c´était trop tard, sa demande a été refusée.
Si elle avait réussi, à chaque fois que tu achètes une clé USB ou un memory disk ou une carte SD, tu filerais du fric à Crosoft.
"- si ce n´est pas sécurisé (donc en root par défaut et comme compte unique), c´est débile, autant rester sous Windows "
Essaye d´installer Windows sur une clé USB 
Pour une installation sur disque dur d´un système permanent (parce que les Linux sur clé USB, ce ne sont jamais que des systèmes de dépannages), c´est évidemment déconseillé d´utiliser le FAT.
J´ai une distro sur clé USB, j´ai plusieurs utilisateurs avec des droits, mais c´est un système virtualisé, pas un système bootable.
"CDFS -> CD, tu ne risques pas d´y écrire quoi que ce soit... "
Sans blague? 
Mais essaye d´y mettre des droits aussi. Pourtant, les Live-CD, il y en a des milliers.