pour chaque mail reçu/envoyé, tu peux les sauvegarder en eml comme tu dis, ou en html ou en txt
mais tu peux aussi tout sauvegarder d´un coup via cette méthode:
http://www.01net.com/editorial/278528/internet/comment-sauvegarder-les-donnees-de-firefox-et-de-thunderbird-./
mais c´est peut-être pas ce que tu recherches... par contre, avec cette sauvegarde tu peux utiliser thunderbird comme firefox via une clé usb par exemple, que tu emmènes partout ( windows 2000 et Xp )