Perso, je suis fan de truecrypt.
Mais c´est pas pour crypter des répertoires, mais des partitions, ou créer une fausse partition en fait localisée dans un fichier. Il y a même moyen de faire en sorte que si on tape un certain mot de passe, on tombe sur certains fichiers, et si on en tape un autre, on tombe sur d´autres fichiers.
Fonctionne sous Windows, Linux et Mac.