Bof... chez moi c´est pareil, certains jeux ne demandent pas, donc en fait j´ai trouvé une solution simple : j´ai défini le moniteur sur lequel je veux jouer comme moniteur principal (un CRT 19" flat en 1600*1200 @75Hz).
Ca me convient pour travailler, et ça ne pose plus de problème pour jouer.
Pour les applications, chez moi elles mémorisent sur quel écran je les utilise, et au prochain lancement la fenêtre se replace là où je l´avais laissée en quittant.