virtualdubmod reconnait bien les mkv, mais pas tous... son truc c´est plus plutôt encoder, enfin bref
prend mkvtoolnix, ça sert à multiplexer/démultiplexer un matroska. décompresse le programme mkvtoolnix dans un dossier et place les runtimes dans le même dossier que mkvtoolnix ( si tu prends les archies rar sinon prend seulement l´exe )
http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/downloads.html
mais pour extraire une partie ou l´intégralité du contenu d´un mkv, il faut aussi rajouter mkvextractgui ( à décompresser dans le même dossier que mkvtoolnix )
http://forum.doom9.org/showthread.php?s=&threadid=73819