Pour ce qui est de Mozilla Thunderbird, regarde dans le dossier :
Démarrer > Exécuter > Application Data > Thunderbird > Profiles > Sauvegarde le dossier de ton profil.
____________________
Pour Hotmail, tout se passe sur des serveurs et pas sur ton disque dur donc pas de soucis à te faire.
____________________
Pour d´autres logiciels, je ne vois pas trop puisque je ne les connais pas énormément.