Hum peu claire tes explications, mais je pense savoir où tu veux en venir.
Tout d´abord créer un "modèle" pour le menu du site, tu peux t´en passer au moyen du PHP, par exemple créer une page menu.php que tu insère sur chaque page de ton site. Imagine par exemple que ton site fait 100 pages, et que tu veux rajouter une 101ème, cela impliquera avec ta méthode de devoir modifier chaque page une par une... Pas très pratique...
Sinon pour ton erreur, le message est formel, la page index.html n´est pas à la racine du site, mais dans un dossier. Quand tu uploads ton site, n´upload le dossier contenant toutes les pages en lui-même, upload le CONTENU de ce dossier.
Et au risque de me répèter, à te lire, je te conseille vivement de consulter ce site, ça te facilitera grandement la tâche lors de la création de ton site
http://www.siteduzero.com/tuto-3-6-0-apprenez-a-creer-votre-site-web.html