Tu as du installer plusieurs fois ton OS... essaie un fixmbr sur la console de récup, ça devrait arranger les choses.
Le CD d´installation de XP ne permet pas de modifier les partitions, juste de les créer et/ou les supprimer.
Pour ton histoire de fichier, tu dois avoir une sacrée arborescence pour que ça foire ! A moins que tu ne sois en FAT32. Si c´est le cas, passe en NTFS.
Sinon, utilise une autre méthode de classification.