Si tu es uniquement sous windows, ntfs est conseiller. C est plus stable etc etc que le fat32 , tout les explication sur le site commentsamarche donner plus haut
par contre si tu as l intention de faire cohabiter du linux et du windows, du fat32 est conseiller, la plus part des distribution unix ne gere pas le ntfs
et les rares qui savent ecrire sur du nfts ( je parle pas de lire sa plein y arrivent) font souvent des conneries, suivant le materiel, parfois sa marche, parfois sa pass pas...et parfois tu peu nicker une partition
donc resumer
pure windows : nfts tres conseiller
unix/windows : fat32 conseiller, conseil : partition windows ntfs et les autre en fat32 pour echanger avec les les partition unix