Les grottes de Pikmin 2 renferment parfois des fleurs qui ont le pouvoir de transformer les petites créatures en Pikmin blancs ou violets. Les toxiques ont la faculté de contaminer et d'empoisonner toute créature ayant l'audace de les absorber et peuvent creuser la terre à la recherche d'objets enfouis. Les Pikmin violets n'ont quant à eux pas énormément de capacités particulières, mais ils s'avèrent tout de même extrêmement utiles dans la mesure où ils possèdent la force de 10 Pikmin chacun.