Après avoir signé avec Sony, Naughty Dog déménage à Santa Monica. Le studio compte alors une trentaine d'employés. Travaillant dorénavant pour le constructeur japonais, ces derniers entrent rapidement en possession des kits de développement pour PlayStation 2. Universal étant le seul propriétaire de la série Crash Bandicoot, il faut repartir de zéro. Enfin, pas tout à fait car le savoir-faire reste intact et la série qui s'annonce va finalement s'avérer un prolongement logique des productions passées.

Dès le départ, les créatifs de Naughty Dog savent vers quelle direction ils souhaitent aller. Ils optent pour un jeu d'action - aventure avec de la plate-forme et un monde en partie ouvert. Le tout, en mettant l'accent sur les personnages et la narration. Si les différents Crash Bandicoot étaient des bons jeux, on ne peut en effet pas dire qu'ils brillaient pas leur histoire. Globalement, il fallait faire face aux différents plans machiavéliques du Docteur Neo Cortex tout en protégeant son entourage. Clairement, le scénario n'était pas ici une priorité même si à l'origine, Jason Rubin et Andy Gavin auraient souhaité que la narration soit plus importante. Les limitations techniques de l'époque ont forcé le duo à emprunter d'autres chemins.

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L'envie de puiser des idées en provenance de continents et de cultures variés débouche sur la création de Jak. Pour dessiner et animer ce dernier, Naughty Dog a autant emprunté aux cartoons qu'aux mangas. A ce personnage silencieux mais pourvu d'une certaine classe, le studio souhaite adjoindre un sidekick amenant une touche d'humour au jeu. Voilà comment Daxter voit à son tour le jour. Evidemment, le développement de Jak & Daxter premier du nom n'est pas une sinécure. Apprivoiser un nouveau hardware n'a rien d'évident.

Ce titre marque en prime le passage à une caméra libre dans des environnements nettement plus vastes que ceux de Crash Bandicoot. Les défis sont nombreux. Tant et si bien que la sortie du jeu finit par être reportée pour que celui-ci soit peaufiné. C'est d'ailleurs là l'une des particularités de Naughty Dog qui livre en règle générale des productions toujours très propres. Fin 2001 Jak & Daxter, sous-titré « The Precursor Legacy », sort sur PlayStation 2. L'heure du verdict a sonné. La critique est unanime et salue l'incroyable boulot fourni par le studio californien. Univers plaisant, personnages attachants, gameplay ciselé, direction artistique forte, les compliments fusent. Comme prévu à l'origine par ses créateurs, le jeu laisse le joueur libre d'explorer l'environnement. Le monde n'est pas aussi morcelé qu'à l'accoutumée et cela plaît beaucoup. Comme dans Crash Bandicoot, une large place est également donnée à la collection d'items en tout genre.

Grâce à l'utilisation de courtes cutscenes, Naughty Dog parvient à installer une atmosphère plaisante et à renforcer la personnalité de ses héros. Le scénario n'est en revanche pas follement original. Les deux personnages principaux partent à l'aventure pour essayer de rendre son apparence normale à Daxter, transformé en beloutre - une sorte de mélange entre une belette et une loutre - après être tombé dans une cuve d'Eco Noir. De manière inattendue, ils doivent toutefois affronter une menace dont ils ne soupçonnaient pas l'existence. Commercialement, le jeu est un succès, autant en Occident qu'au Japon. Deux ans plus tard, Jak et Daxter sont de retour dans un deuxième épisode que Naughty Dog a voulu plus noir. Le studio se laisse griser par le succès de GTA III et décide de donner une tonalité plus sombre à l'aventure. Jason et Andy pensent alors que ce virage est nécessaire pour pérenniser la série sur le long terme. Forcé à ingurgiter la substance dans laquelle était tombé son ami Daxter, Jak, enfin doué de parole, mute brusquement. Si son apparence ne change pas énormément, il devient aussi mauvais que puissant. Sa soif de vengeance envers celui qui a provoqué cette transformation, le Baron Praxis, est inextinguible. Cette nouvelle ambiance rejaillit bien sûr sur les décors qui s'avèrent plus ternes et froids que ceux du premier volet. Le gameplay prend lui aussi une couleur différente avec l'apparition de missions en ville façon GTA et de phases d'action plus brutales. Certains apprécient cette nouvelle orientation alors que d'autres regrettent la disparition du côté poétique et enjoué du premier épisode. Au Japon en particulier, cela ne passe pas et les ventes s'en ressentent.

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Malgré tout, à travers Jak 3, sorti fin 2004, Naughty Dog garde le cap en jouant sur la même tonalité que le deuxième épisode. L'aventure, pleine de rebondissements, débute alors que Jak est banni d'Abriville à cause des sombres pouvoirs dont il dispose. Pas de quoi faire penser à l'aventure joyeuse du premier volet. La variété des situations proposées dilue autant l'identité de la série qu'elle profite au plaisir de jeu sur l'instant. Les inspirations sont d'ailleurs multiples et on sent que le studio cherche à surfer sur la vague de quelques-uns des hits du moment : de Smuggler's Run à GTA en passant par Prince of Persia. En soi, l'aventure a gagné en densité mais, fondamentalement, les mécaniques restent assez proches de celles de Jak 2. Les développeurs essayent toutefois de plus en plus de faire se rencontrer narration et gameplay, de ne plus considérer ces deux éléments de manière indépendante. Une philosophie que l'on retrouvera évidemment plus tard. Quoi qu'il en soit, Jak 3 conclut une trilogie de qualité, même si ce dernier épisode ne parvient pas à séduire autant que ses prédécesseurs.

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A l'image de ce qu'il s'était passé avec Crash Bandicoot, Naughty Dog conclut son aventure en compagnie de Jak & Daxter par un spin-off orienté courses survoltées : Jak X. Cette fois, point de karts mais des buggys plus raccord avec la série, et notamment le troisième épisode. Soyons clairs, ce n'est pas là le titre le plus marquant du long parcours de Naughty Dog. Avec ses bonus en tout genre, ses circuits tortueux et son côté fun, le jeu rappelle pourtant forcément CTR. Mais contrairement à son illustre aîné, il favorise un pilotage brutal et multiplie les explosions violentes. Globalement, si Jak X s'avère complet et relativement agréable au premier abord, il propose un gameplay finalement assez peu profond. Certainement la production la plus anecdotique signée Naughty Dog.

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