Après l'échec d'EarthBound 64 (voir la partie consacrée à ce projet avorté), Shigesato Itoi et Nintendo planchent finalement sur un troisième épisode. Celui-ci est annoncé courant 2003. Cette même année, une compilation regroupant Mother 1 et 2 sort sur GBA pour combler les fans et aiguiser leur appétit avant l'arrivée du dernier rejeton de la famille. Signé Nintendo, HAL Laboratory et Brownie Brown, Mother 3 débarque au Japon en avril 2006 sur Game Boy Advance, soit près de douze ans après la sortie du dernier volet. L'attente a été longue mais le jeu en vaut la chandelle.
Pour le coup, Mother 3 se montre assez innovant par rapport à ses prédécesseurs et même déroutant à certains égards. Ainsi, le jeu se découpe en huit chapitres distincts mettant en avant divers protagonistes. Si Lucas s'affirme au final comme le personnage central de l'aventure, on ne peut pas ici parler de héros unique. Autre différence majeure, le monde dans lequel prend place l'aventure n'est pas contemporain mais plutôt parallèle. On y suit donc les péripéties de plusieurs personnages qui doivent faire face aux agissements néfastes d'un étrange groupe d'individus.
Encore une fois, Mother 3 affiche des qualités narratives indéniables. Le scénario est peut-être un peu plus sombre - malgré un humour toujours très présent - que celui de autres épisodes mais il reste tout aussi jouissif. On y distingue notamment une critique très (trop peut-être...) claire de la société de consommation. En tout cas, entre 1989 et 2006, Shigesato Itoi n'a rien perdu de son talent. Les personnages sont brossés avec soin, les dialogues ciselés et les rebondissements amenés avec intelligence. Malgré un découpage inédit, le récit est toujours maîtrisé.
Côté gameplay, la vue oblique si caractéristique de la série laisse sa place à une vue du dessus plus commune. En bon J-RPG, Mother 3 affiche une formule classique avec un mélange d'exploration et de combats. A l'instar d'EarthBound, lors des rixes, un compteur lié aux points de vie est présent. Les affrontements au tour par tour proposent en revanche un nouveau système de combo en rapport avec le son.Les combats deviennent ainsi des sortes de mélodies que l'on répète à loisir. Plus anecdotique, les sauvegardes ne s'effectuent plus grâce à un téléphone mais via des grenouilles que l'on croise régulièrement au cours de l'aventure. Une aventure par ailleurs plus simple que celle des deux précédents épisodes. Il faut dire que les exigences du public de 2006 ne sont plus vraiment les mêmes que celles des joueurs de 1989.
Visuellement très réussi, agréable à jouer, Mother 3 reste un RPG de grande qualité. Malgré tout, dans l'esprit de nombreux joueurs, il n'occupe pas la même place qu'EarthBound. Peut-être est-ce à cause de cette narration singulière ou d'une bande-son (signée Shogo Sakai) moins marquante qu'à l'accoutumée ? La nostalgie joue certainement aussi un rôle dans ce constat. Malheureusement, bien qu'il existe une version non officielle traduite par des fans, la plupart des joueurs occidentaux ne pourront jamais se faire un avis réel sur le jeu. Celui-ci n'est en effet disponible qu'au Japon.