Apprécié de tous, EarthBound a logiquement donné envie à ses créateurs de poursuivre l'aventure. C'est ainsi que débute le développement d'EarthBound 64. Pour être précis, la phase de conception commence en 1994, peu de temps après la sortie au Japon du deuxième volet. Au départ, le jeu est prévu sur Super Nintendo. Mais très vite, le projet migre vers la nouvelle machine de la firme japonaise : la Nintendo 64. Fini les environnements en 2D, place à la 3D. Avec ce bouleversement apparaissent bien entendu de nouvelles problématiques de production. D'autant que la transition vers la N64 nourrit l'ambition des créateurs.

Après six ans de production, Nintendo annonce an août 2000 que le projet ne verra finalement jamais le jour, sous cette forme du moins. Pourtant, un an plus tôt, lors du Space World 1999, un événement organisé par la société japonaise, une démo de trente minutes était disponible. Des vidéos sur le Net permettent d'ailleurs de se faire une idée du visage du projet. EarthBound 64 servira toutefois de base pour la création de Mother 3 sur Game Boy Advance.

Dans un entretien rendu public par Nintendo au moment de l'annonce de l'annulation, Satoru Iwata, Shigeru Miyamoto et Shigesato Itoi décrivent en longueur les raisons de cet échec. Le premier cité, alors producteur du jeu, y fait un étonnant mea culpa en expliquant être en grande partie responsable de la « catastrophe ». Rarement un homme de cette stature aura autant confessé son amertume et ses regrets de manière publique. Iwata évoque notamment ses allers-retours incessants aux Etats-Unis et la conséquence néfaste que ces derniers ont eu sur la bonne marche du développement. Le boss actuel de Nintendo avoue également ne pas avoir correctement analysé la situation au cours de la conception du jeu. Selon lui, il aurait fallu prendre des décisions fortes en temps et en heure, quitte à jeter une partie du travail déjà fait, pour parvenir à terminer la production dans le laps de temps imparti. Or, rien de tout cela n'a été fait.

Au cours de l'entretien, Iwata parle aussi des craintes initiales des programmeurs face à la masse de travail demandée. Craintes dont le producteur déclare ne pas avoir assez tenu compte. Au final, Miyamoto pense que le développement du jeu, au sens large du terme, était terminé à 60 % au moment de l'annulation. Iwata nuance en expliquant que les 60 % incluent tout le travail autour du projet, y compris celui fait en amont, mais que les joueurs auraient eu un jeu à 30 % terminé s'il était sorti en l'état en 2000. Selon ce dernier, continuer la conception d'EarthBound aurait eu un impact direct sur les autres projets de Nintendo et en particulier la Dolphin, devenue ensuite la GameCube. La décision d'annuler le jeu était donc devenue inévitable.