Après le premier volet ayant séduit les amateurs de sensations fortes, Tecmo décide de faire de Project Zero une série phare. Pour cela, l'éditeur lance Project Zero II : Crimson Butterfly en 2004 sur Playstation 2 et 2005 sur Xbox (cette dernière version contient toujours des bonus, et elle inclut également la possibilité de faire le jeu en vue subjective). Avec ses décors, son histoire et son dénouement touchants, ce second opus est encore aujourd'hui considéré comme le meilleur de la série par les fans.

Elle aussi tirée de la réalité, l'histoire se déroule dans les environs du village fantôme « de Tous les Dieux », situé en pleine forêt. Mayu et Mio, deux sœurs jumelles, flânent dans cette fameuse forêt non loin de leur maison d'enfance. Attirée par un mystérieux papillon rouge, Mayu, pourtant blessée à la jambe depuis un certain temps suite à une chute, se dirige malgré elle vers le village maudit. Mio la suit de près, mais ce que les deux sœurs ignorent, c'est que ce village cache un passé ténébreux qui a toujours maudit les jumeaux et jumelles qui s'y sont aventurés.