Il arrive parfois que l'on se fasse repérer. Beaucoup d'options s'offrent alors au joueur. Il peut affronter tous les gardes de la zone. S'il les bat, l'alerte s'estompe et il peut alors reprendre sa route. Il peut aussi s'enfuir du quartier, en espérant semer ses poursuivants. Sinon, il existe des cachettes. Si le personnage s'y rend et que personne ne le voit y pénétrer, il suffit d'attendre que les ardeurs des soldats s'estompent pour ne plus être inquiété. Il existe plusieurs types de cachettes, dépendant de l'opus auquel on joue : les tas de foin, les bancs, les tentures (sur les toits) ou encore la foule. Assassin's Creed 2 introduit aussi le concept de notoriété. Une jauge se remplit à chaque fois que le personnage commet une action moralement inacceptable, comme détrousser un cadavre ou tuer un innocent. Lorsque sa notoriété est totale, les gardes repèrent le joueur très vite, même s'il ne commet aucune action répréhensible et se mettent à l'attaquer au bout de quelques secondes. Il existe cependant trois moyens pour réduire la notoriété : arracher les avis de recherche nous concernant, soudoyer un héraut ou tuer un témoin. Toutes ces actions feront baisser de manière plus ou moins significative la popularité. Lorsque la notoriété est de nouveau à zéro, les gardes reprennent un comportement normal à notre égard.

Un autre principe fondamental du jeu est la barre de synchronisation. Il s'agit en réalité d'une jauge de vie. C'est ce qui détermine la puissance du lien qui unit Desmond à son ancêtre. A chaque dégât reçu (combat, chute, etc.), cette barre diminue. Dans le 1, elle remonte toute seule, en dehors des combats. Tandis que dans les opus suivants, il faut se faire soigner par un médecin ou consommer un remède (une potion de soin). La santé maximale peut être augmentée en avançant dans le jeu et en achetant certains objets, comme des parties d'armure. Il est aussi possible de se synchroniser sur certains points stratégiques, généralement situés en haut d'une tour, d'un clocher ou d'un grand bâtiment. Enfin, les ancêtres de Desmond (ainsi que lui-même) peuvent utiliser la vision de l'aigle et sont dès lors capables de discerner les ennemis des alliés. Elle permet de « voir » les intentions des gens. Les ennemis apparaissent alors en rouge, les alliés en bleu, les neutres en blanc et les cibles en jaune. Cette vision est intimement liée à la synchronisation.