Qu'en est-il de ce fameux crédo, celui qui dicte les lois et la philosophie des Assassins ? Il tient en trois règles fondamentales que tout membre de l'Ordre se doit de respecter à la lettre : « Jamais l'épée ne doit verser le sang d'un innocent », « L'Assassin doit être discret dans tous ses faits et gestes » et « Les actions ne doivent jamais compromettre la fraternité ». Avec ces trois lois, le jeu pose immédiatement les bases de son gameplay. Altaïr doit éliminer ses cibles avec la plus grande discrétion, et ne doit pas s'en prendre aux innocents. A chaque fois que le joueur transgresse ces règles, Desmond se désynchronise un peu plus, jusqu'à perdre totalement le lien qui l'unit à son ancêtre, synonyme de game over pour le joueur. A l'inverse, la synchronisation est totale lorsque Altaïr se fond dans la masse et n'attire pas l'attention sur lui.

A ces règles s'ajoutent deux préceptes qui illustrent la pensée des Assassins : « Rien n'est vrai, tout est permis ». Les Assassins mettent là l'accent sur le fait que les Templiers sont partout et contrôlent tout. Tout ce qui se dit, ce que l'on croit être vrai et accepté par tous est en réalité tronqué pour maintenir les gens dans l'ignorance. Pour les Assassins, tout doit être mis en œuvre pour rétablir la vérité et laisser les gens décider par eux-mêmes. C'est selon cette philosophie qu'ils agissent dans l'ombre. Les Templiers sont donc les ennemis naturels des Assassins car ils privent les gens de leur libre arbitre et oppriment les peuples.

Pour marquer le passage aux plus hautes strates de l'Ordre, les maîtres Assassins se voient couper leur annulaire, en témoignage de leur engagement. C'est un véritable honneur, que seuls les plus compétents se voient accorder. Dans les temps les plus reculés de l'Histoire, il s'agit aussi du seul moyen d'utiliser la lame secrète, arme de prédilection de l'ordre. Les Assassins effectuent aussi fréquemment des sauts de la foi, sorte de saut de l'ange qu'ils réalisent du haut d'un édifice, marquant ainsi clairement leur appartenance à l'Ordre. Altaïr (ainsi que Ezio plus tard) a la possibilité d'en exécuter un à chaque fois qu'il saute d'une certaine hauteur dans un tas de foin.