Il est inutile de nier ce fait certes malsain mais pourtant flagrant : la sexualité est omniprésente dans un Silent Hill. Qu'elle soit implicite ou explicite, elle est récurrente. Certains monstres y font directement référence par leur design. On peut citer les célèbres « nurses » qui représentent un fantasme plutôt folklorique ou encore certaines créatures du second opus qui illustrent métaphoriquement une forme vaginale. Mais il faut bien comprendre que ces symboles ne sont pas gratuits. Silent Hill étant avant tout un jeu d'horreur, le contexte dans lequel ces symboles nous sont montrés n'est pas très joyeux. Nous évoluons dans des environnements glauques et ces bêtes sont finalement bien plus effrayantes qu'excitantes. Le but de ce paradoxe est en fait d'offrir au joueur une nouvelle forme de peur. Une peur qui résulte du dégoût face à ce qui est censé nous attirer.

Moins évidente à cerner, la sexualité des protagonistes tient aussi une certaine importance dans chaque jeu. James qui ne peut s'empêcher de fantasmer sur Maria, Harry qui est en fait un libertin (Shattered Memories), Henry et Travis qui refoulent leur perversion... Chaque héros demeure fatalement humain. Leur obsession sexuelle n'a rien de vil en soi, seulement la façon dont elle nous est présentée est constamment inattendue, complexe voire dissimulée. Du coup, la frustration sexuelle que ressentent les personnages perd de sa « normalité » et en devient vicieuse, obscène et malsaine. A nos yeux, leur désir se transforme en pathologie, ce qui crée, a fortiori, une liaison morbide entre le joueur et son avatar.