Deux années se sont encore écoulées, pour déboucher sur Hitman Contracts. Et on retrouve une troisième fois l'agent 47. Mais notre assassin préféré est grièvement blessé. A tel point qu'il s'affale sur le sol d'un petit appartement qui lui sert vraisemblablement de planque. Alors que certains voient leur vie défiler quand ils sont sur le point de passer l'arme à gauche, 47 revit ses contrats et n'importe quel élément qu'il entend ou voit le plonge aux moments les plus noirs de son passé. Ainsi, lorsque la porte de son appartement s'ouvre, la lumière aveuglante lui fait penser à une soute d'avion à partir de laquelle il a commencé un contrat. Une flasque répandant de l'alcool tinte comme la pluie sur la campagne anglaise et lui remet en mémoire une autre mission. Pendant que 47 divague, un médecin envoyé par l'Agence s'efforce de le rafistoler. On en apprend très peu sur les causes de la blessure de 47 mais la patience des joueurs sera récompensée puisqu'il faudra attendre la sortie du dernier opus, Blood Money, pour lever le voile là-dessus. Quoi qu'il en soit, 47 est déterminé à finir ce qu'il avait commencé...

Le principe est simple : chaque fois que 47 se souvient d'un contrat, le joueur l'exécute d'un bout à l'autre. Il s'agit cette fois de contrats indépendants, n'ayant pas de lien entre eux et chacun se joue en une seule mission. A chaque fois, il faut donc tuer au moins une personne, en plus des éventuels autres objectifs secondaires. Dans cet opus, il n'y a plus de notion d'argent. 47 commence chaque contrat avec un matériel précis. Toutefois, lorsque le jeu est terminé, il est possible de refaire les missions en choisissant ses armes (comme pour tous les jeux de la série).