Codename 47 est le premier volet de la série. Il est sorti en novembre 2000 et de ce fait, on a donc pu fêter son dixième anniversaire il y a peu. Le jeu présente le principal protagoniste de la série de manière brutale, puisqu'on ne sait rien de lui au début. On découvre assez vite qu'il n'a pas vraiment de nom mais qu'on l'appelle « agent 47 » ou plus simplement « 47 » en référence aux derniers chiffres du mystérieux code barre qu'il porte tatoué sur le crâne. Grand, chauve et toujours habillé de son éternel costume noir, 47 dévoile aussi très vite ses sentiments : froid, calculateur et sans remords. Le meurtre est son métier et il n'y a pas de place pour les états d'âme. Son passé est très obscur, voire inexistant en apparence. Ce n'est qu'au fil des missions proposées que l'on apprend à faire connaissance avec notre tatoué. Notre histoire commence pile au moment où Ort-Meyer (voir partie « 47 » du dossier) libère 47. Pour mettre directement dans le bain, la première mission, qui est le didacticiel, consiste à s'évader d'un asile et au passage, à apprendre les rudiments au joueur. Bien sûr, à ce stade on ne sait pas où se trouve 47 et le bâtiment dans lequel il est enfermé prend des allures de souterrain. La mission est logiquement facile et 47 s'en sort sans difficulté. On le retrouve un an plus tard, à Hong Kong. Il travaille désormais pour l'Agence, une organisation mystérieuse dont on ne sait absolument rien non plus. Durant cette première vraie mission, le joueur découvre pour la première fois l'ordinateur de 47, qui lui sert à visionner ses contrats, obtenir des informations sur ses cibles et acheter des armes avant chaque objectif.

Pour chacune de ses cibles (hormis une), 47 devra au préalable effectuer plusieurs missions afin de se rapprocher de son objectif ou simplement de préparer le terrain. Ainsi, il déclenchera une guerre entre des triades chinoises pour rendre vulnérable une de ses victimes, il aidera une tribu d'indigènes en Colombie pour se rapprocher d'un trafiquant de drogue et il placera un émetteur GPS dans une mallette qu'il remettra ensuite à un sbire d'une autre cible. Au fur et à mesure qu'il exécute ses contrats, le joueur en apprend un peu plus sur les origines du personnage. Jusqu'à la dernière mission qui prend une tournure inattendue et fera éclater la vérité au grand jour.