Halo Wars nous entraîne vingt ans avant que le Master Chief ne s'illustre au combat en découvrant le premier Halo. Et à cette époque l'humanité entretenait déjà des relations pour le moins houleuses avec les Covenants. Halo Wars débute sur la passerelle de commandement du Spirit of Fire, un vaisseau de l'UNSC en orbite autour de la planète Harvest. En surface, les aliens semblent besogner autour des vestiges d'une ancienne civilisation, ce qui ne manque évidemment pas d'intriguer le staff du bâtiment : le commandant d'une part, Anders la jolie scientifique d'autre part, mais aussi Forge, soldat de terrain et véritable héros de cette nouvelle histoire. Halo Wars affirme ainsi sa volonté de faire honneur à l'univers de Bungie. Cela passe notamment par de très jolies cinématiques et un scénario qui en dépit de quelques incohérences, reprend beaucoup des ficelles employées dans les FPS.
On regrette simplement que les différents protagonistes humains aient autant de charisme qu'une brouette et que les doublages français ôtent souvent toute substance aux différentes répliques. Heureusement, le jeu parvient à faire ressurgir les mythes de l'univers Halo : on entend par exemple le nom du Pillar of Autumn, on flirte avec l'Arbiter de l'époque et on croise même des Spartans sur le terrain, ceux-ci n'étant pas alors en voie d'extinction.