Ubisoft ne survit à la crise des studios indépendants qu'en avalant d'autres studios pour devenir une multinationale. Les analystes financiers expliquent son succès par les qualités de gestionnaires des frères Guillemot :

Ubisoft a préféré croître afin de développer des jeux simultanément, quitte à faire de mauvais jeux pendant des années. Pour exister sur le marché, il faut proposer le plus de jeux possible dans les bacs.

Un compromis semble un temps trouvé pour M. Ancel, avec le premier épisode de la trilogie Beyond Good & Evil sorti en 2003 sur PS2. L'aventure est ponctuée de rencontres avec des créatures à tête d'animaux inspirées de l'univers de Hayao Miyazaki. L'influence de l'Orient se fait ressentir (c'est en Tunisie que M. Ancel découvre le jeu vidéo) : l'héroïne, Jade, est Arabe, de même que l'architecture, l'ambiance et certaines musiques. Cependant, le chef-d'œuvre de M. Ancel se trouve menacé par la stratégie marketing d'Ubisoft. Beyond Good & Evil sort à Noël en autoconcurrence avec les autres licences phares (Splinter Cell, XIII, Prince of Persia : Les Sables du Temps) qui aspirent littéralement le budget publicitaire d'Ubisoft. Les chiffres de ventes de Beyond Good & Evil sont si alarmants qu'Ubisoft décide d'adapter rapidement le jeu sur tous les supports du marché. Mais ne bénéficiant plus de l'effet d'exclusivité de la PS2, le jeu connaît un échec commercial encore plus désastreux sur PC, GC et Xbox. Ce premier épisode ayant couté 7 millions d'euros de production, les frères Guillemot refusent de financer la fin de la trilogie. M. Ancel reste avec son Beyond Good & Evil 2 sur les bras jusqu'en 2005. Peter Jackson le choisit alors pour adapter son film King Kong en jeu vidéo. Cette collaboration internationale et les 3 millions de jeux vendus à la clé lui font regagner la confiance des frères Guillemot. À force d'insistance, M. Ancel réussit même à les convaincre de relancer la trilogie Beyond Good & Evil.