Mais si les agents sont efficaces, il va bien falloir en venir aux mains pour remporter la partie. C'est là qu'intervient le second pan de STW. Lorsque deux armées appartenant à différentes factions se retrouvent sur une même région, une bataille en temps réel est initiée. Le joueur prend le contrôle de ses unités sur une carte en 3D de toute beauté et s'arrange pour que ses samouraïs apprennent les bonnes manières aux mecs d'en face. Une quinzaine d'unités sont disponibles au cours de la partie. Outre les suscités samouraïs (armés d'une épée, d'une lance, à pied ou à cheval), les archers et autres paysans, on trouve des moines guerriers très coriaces ainsi que des arquebusiers, disponibles si le joueur accepte de commercer avec les Européens (toujours en train d'exporter des outils sympas ceux-là).

Tactiquement, les combats sont une réussite incroyable. Les unités réagissent en fonction des éléments ou du déroulement de la bataille : la vent réduit l'efficacité des archers et la pluie rend les arquebusiers inefficaces. S'il fait chaud, elles se fatigueront plus vite... Côté moral, la mort d'un général peut pousser les unités les moins expérimentées à prendre leurs jambes à leur cou sans demander leur reste. Même chose si elles se font charger par derrière. Enfin, ça c'est pour la menue piétaille : les moines combattants et les samouraïs aguerris préfèrent souvent se battre jusqu'à le mort plutôt que de faire demi-tour. Malgré le grand nombre de facteurs pouvant influer sur une bataille (compétences du général, expérience des unités, météo, reliefs...), la prise en main est immédiate. Voir deux armées de samouraïs se faire face, bannières au vent, avant de se charger et de s'étriper à coup de Naginata est grisant. Et quel bonheur que de regarder la troupe ennemie reculer doucement, puis s'effondrer d'un seul coup et s'éparpiller dans tous les sens. Notons que pour ceux qui ne peuvent pas attendre ou que le tour par tour rebute, il est possible de participer directement à une bataille rapide, pouvant opposer jusqu'à 8 joueurs. On choisit une carte, on achète des unités avec l'argent disponible (le montant est déterminé par le créateur de la partie) et on se bat directement, sans avoir à gérer un empire.

La guerre virtuelle n'avait jamais été aussi réelle et aussi impressionnante. Shogun : Total War a donc posé les bases de la série de manière très efficace, en réalisant un sans-faute.

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