Conçu comme un véritable action-RPG, Kingdom Hearts est un jeu en 3D temps réel dans lequel les trois personnages principaux montent de niveau à mesure qu'ils acquièrent de l'expérience en combattant. Si l'on ne contrôle que Sora durant toute l'aventure, le comportement de Donald et Dingo peut être paramétré pour en faire des alliés sur lesquels on peut compter en toutes circonstances. Les compétences propres à chacun n'étant évidemment pas les mêmes, chaque membre du trio revêt une importance capitale, surtout en début de partie alors que Sora ne dispose pas encore du sort de soin. La Keyblade étant réservée à l'élu, il convient de donner à Donald et Dingo un équipement adéquat, à commencer par un bâton de magicien et un bouclier pouvant être utilisé de manière offensive.
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L'évolution des trois personnages passe avant tout par l'obtention de compétences qu'il convient d'activer dans la limite des PC propres à chacun. A noter que le choix effectué dans la salle de l'éveil influe directement sur l'ordre des compétences que pourra obtenir Sora en montant de niveau. Aux compétences de chacun s'ajoutent des compétences de groupe qui permettent d'optimiser la nage, le saut et le vol plané. Les compétences d'attaque, comme Aquilon, Ragnarok ou Diskobolos doivent également être équipées à l'aide des PC et consomment plus ou moins de MP à chaque utilisation. Cet opus est le seul dans lequel on peut gagner des points d'expérience bonus en réalisant des contres ou en usant des bonnes techniques au bon moment pendant les combats.
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La magie s'utilise via le menu d'action ou via les raccourcis affectés aux gâchettes de la manette. Les sorts sont peu nombreux (soin, brasier, glacier, foudre, gravité, stop, rafale) mais ils gagnent en efficacité au fil de la partie (magie > magie + > magie X). Chaque segment de la jauge de MP permet de lancer un sort en verrouillant une cible à l'aide du lock.
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Cette fonction est une composante essentielle du gameplay car elle permet, entre autres, de contourner les gros problèmes de caméra qui entachent l'expérience de jeu dans cet épisode. Pour ne rien arranger, la dimension plate-forme est omniprésente dans certains mondes, notamment au Pays des Merveilles, ce qui ne facilite pas vraiment le confort de jeu. Ces quelques défauts disparaîtront heureusement dans les épisodes ultérieurs qui ne conserveront que très peu d'éléments de plate-forme. Ceux qui ont fouillé le jeu de fond en comble pour trouver tous les secrets savent également que ce premier opus recelait d'innombrables possibilités d'interactions avec le décor. Ces dernières disparaîtront aussi par la suite, ce qui est déjà plus étonnant. Tout comme les marques Trio qui permettaient de découvrir des trésors cachés à condition d'être entouré de Donald et Dingo.
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A chacun des mondes visités, Sora gagne la possibilité de se battre aux côtés des alliés locaux. En voici la liste complète : Tarzan, Aladdin, Ariel, Jack, Peter Pan et la Bête. En contrepartie, l'allié choisi remplace soit Donald, soit Dingo, ce qui condamne temporairement l'accès aux marques Trio. Qui plus est, le fait d'être entouré de Donald et Dingo permet de déclencher la compétence Trinité, une technique très puissante accessible vers la fin du jeu.
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Bien que très classique, le gameplay de ce premier Kingdom Hearts se veut résolument énergique, et tant pis si l'action paraît souvent brouillonne et chaotique. Les visites d'Atlantica et du Pays Imaginaire sont aussi l'occasion d'évoluer sous la mer et dans les airs. Quant aux invocations, elles sont déjà présentes dans cet opus et permettent de faire appel à Simba, Dumbo, Clochette, Mushu, Bambi et au Génie de la lampe, moyennant quelques MP. Il faudra toutefois dénicher les pierres dans lesquelles elles sont enfermées, et les donner à la Bonne Fée qui habite dans la maison de Merlin l'enchanteur à la Ville de Traverse.
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Enfin, les phases de shoot à bord du vaisseau gummi seront largement améliorées dans le second volet. Le résultat n'était certes pas très convaincant ici mais on pouvait tout de même customiser le vaisseau à l'aide des blocs trouvés au hasard de la progression afin de le renforcer. Chaque trajet devait être effectué au moins une fois pour accéder à un nouveau monde, puis on pouvait recourir à la fonction hyperespace pour s'y téléporter instantanément.
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