Mother Brain

Ennemie de Samus, le statut de Mother Brain dans l'organisation terroriste des Pirates de l'Espace est extrêmement compliqué à définir. Bien qu'au premier abord, elle semble être le « cerveau » du groupe, certains éléments scénaristiques de la série des Metroid Prime semblent moins catégoriques. Ce que l'on sait maintenant, c'est que Mother Brain était en fait une unité Aurora, peut-être même la première, créée par les Chozos pour gérer la planète Zebes et protéger les métroïdes. Malheureusement, cette dernière finit par avoir un comportement trop matriarcal envers les métroïdes (qu'elle appelle ses enfants), la poussant à détruire les Chozos qui n'arrivaient pas à les protéger lors d'une invasion des Pirates de l'Espace. Elle a donc rejoint leurs rangs. Bien qu'elle soit un des personnages les plus connus de la série, on ne l'affronte que dans trois épisodes : Metroid, son remake Metroid Zero Mission et Super Metroid. Etant donné que la planète Zebes fut détruite dans le dernier des trois, il semble impossible de revoir à nouveau Mother Brain à moins qu'une nouvelle préquelle ne voit le jour. Il est à noter que Mother Brain est la créatrice du Power Suit de Samus Aran.

Ridley

L'antagoniste le plus récurrent et le plus charismatique de la série, Ridley, est un mélange entre un dragon et un ptérodactyle, Général des Pirates de l'Espace. Tout ce que l'on sait de lui, c'est qu'il est le dernier de sa race et qu'il a subi des modifications génétiques qui expliquent sa force. Il est à noter que le seul véritable Ridley a été tué dans le premier opus (et son remake) ! Dans les Prime, on affronte une version biomécanique faite à partir de son corps. Dans Super Metroid, les Pirates de l'Espace ont appris le clonage et ont fait leur premier test avec l'ADN de Ridley. Dans Metroid Fusion, c'est une version Parasite-X de Ridley que Samus doit combattre. Peu importe quelle version de Ridley se retrouve devant le viseur de la chasseuse de primes, chaque combat contre le dragon est un moment important de l'aventure, souvent particulièrement bien mis en scène et d'une difficulté déconcertante.

Kraid

De la race des reptiles, Kraid est apparemment originaire de la planète Zebes, des fins fonds de Brinstar pour être précis. Bien que son rang ne soit sûrement pas aussi élevé que celui de Ridley, il fait office de boss. Son imposante stature tenant sur deux écrans et semblant dénoncer un appétit démesuré en fait un adversaire impressionnant. Néanmoins, ce dernier possède un point faible, sa bouche, qu'il ne peut visiblement pas s'empêcher d'ouvrir en grand pour accueillir la flopée de missiles que Samus lui réserve...

Les métroïdes

Il est étonnant de noter à quel point les métroïdes sont un des éléments centraux du scénario alors qu'ils sont si primitifs. Les métroïdes ne sont pas méchants en soit et ne sont pas dotés d'une incroyable intelligence. Ils peuvent même s'avérer très utiles car ils ont été créés par les Chozos dans le but d'empêcher la prolifération du dangereux Parasite X sur SR388. Malheureusement, leurs capacités naturelles attisent la convoitise des Pirates de l'Espace et sont craintes par le reste de l'humanité, d'où l'intention de la Fédération Galactique, dans un premier temps, de les éliminer. Il faut savoir que les trois quarts des métroïdes rencontrés in-game sont dans leur première phase, dite larvaire. Dommage que ce soit dans cette phase qu'ils sont les plus dangereux. S'en débarrasser est extrêmement difficile à cause de leur rapidité, et il faut compter sur un rayon de glace suivi de quelques missiles pour vous en défaire. Les autres stades de leur évolution sont tous observés dans Metroid II.

Metroid Prime

A la base une simple larve métroïde, elle a absorbé une incroyable quantité de Phazon lors de l'arrivée d'une météorite sur la planète Tallon IV. A force de mutation, elle est devenue Metroid Prime, capable de créer elle-même du Phazon et de pondre d'autres métroïdes. Suite à sa première rencontre avec Samus, elle va absorber sa Phazon Suit ainsi qu'une partie de son ADN et se transformer en Samus Sombre, un alter ego constitué exclusivement de Phazon pur. Maintenant devenue plus forte, elle va entreprendre de contaminer toute la galaxie grâce au Phazon. Il ne faudra pas moins de trois jeux à Samus Aran (les trois Prime) pour réussir à tuer Metroid Prime et arrêter la prolifération de la substance nocive.