Huit ans, c'est le temps qu'il aura fallu pour qu'un nouveau Metroid fasse son apparition ! C'est donc fin 2002 que Metroid Fusion sort sur Gameboy Advance, en même temps que Metroid Prime sur Gamecube, dont on reparlera un peu plus loin. Bien que Gunpei Yokoi, le producteur de la saga, soit tragiquement décédé entretemps, Yoshio Sakamoto est toujours aux commandes de la série et il a beaucoup d'ambition concernant ce titre qui va tenter de succéder à Super Metroid.
Le scénario se veut dans la continuité de l'histoire. Samus Aran part avec quelques scientifiques sur la planète SR388 qu'elle avait déjà visitée dans Metroid II. Ils y découvrent des parasites, appelé Parasites X, qui ont proliféré ces dernières années suite à l'extermination de leurs seuls prédateurs, les métroïdes. Les Parasites X ont la capacité de dupliquer leur hôte et de contrôler la réplique, le virus étant mortel pour l'hôte d'origine. Malheureusement, Samus est contaminée par le virus. La Fédération Galactique parvient à la soigner, mais le virus infecte sa combinaison (appelée Power Suit), ce qui oblige les scientifiques à la lui retirer et à l'expédier vers une station spatiale de recherche. Alors que Samus est à peine guérie, la Fédération Galactique l'envoie inspecter la station spatiale en question, suite à une explosion. Sur place, elle apprend que les parasites X sont en train de proliférer et que l'un d'entre eux a pris possession de sa Power Suit et s'est transformé en SA-X, sorte de copie de Samus à pleine puissance.
Premier constat, le scénario est bien plus complet que celui des épisodes précédents. De plus, ce dernier se veut évolutif car de nombreux évènements viennent changer la donne pendant la partie et les surprises s'enchaînent de façon régulière. Samus est toujours en communication avec la Fédération Galactique via des bornes qui lui permettent de connaître ses objectifs et de nombreuses cut-scenes viennent saupoudrer le tout d'une légère touche cinématographique.
Les graphismes et le gameplay rappellent sans conteste Super Metroid. La maniabilité n'a pratiquement pas changé et, bien que l'environnement ne soit plus le même, on ressent toujours une grande solitude en dépit des différentes espèces que l'on peut croiser. Les musiques de Minako Hamano, bien qu'elles n'égalent pas l'atmosphère du troisième opus, sont tout à fait appropriées au contexte du titre où Samus Aran semble mener une sorte d'enquête. Le seul véritable problème du titre, c'est que cette profondeur scénaristique amène une certaine linéarité dans la progression à laquelle les joueurs n'étaient pas habitués dans la série, bien que l'on soit beaucoup plus libre que dans tous les autres jeux du genre.
Mais la vraie force de Metroid Fusion repose sur le SA-X, dont le concept n'est pas sans rappeler le Nemesis de Resident Evil 3. Chacune de ses apparitions vous glace le sang, au propre comme au figuré car le SA-X dispose du Ice Beam de Samus et peut donc vous geler quand cela lui chante. Vu qu'il vous est impossible de le tuer, vous devrez vous échapper lors de véritables gymkhanas. Cela apporte beaucoup à la tension déjà présente dans les titres de la série.
Au final, Metroid Fusion est un excellent opus et beaucoup de magazines et de sites le considèrent comme le meilleur jeu de la Gameboy Advance, allant presque jusqu'à défier le grand Super Metroid. Le jeu a aussi bénéficié de quelques bonus si on le connectait à Metroid Prime via un câble spécial, notamment le Metroid originel. Bref, une franche réussite qui peut se targuer d'avoir relancé la série concernant la 2D.