Lorsqu'on la découvre pour la première fois, la manette du Virtual Boy peut surprendre. Tout d'abord, il s'agit de la première manette Nintendo à proposer des "repose-paumes", permettant d'agripper correctement la manette avec toute la surface de la main. C'est aussi la première manette ambidextre, dans la mesure où elle possède une parfaite symétrie gauche/droite avec deux croix directionnelles, deux couples de boutons de façade (A et B à droite, Start et Select à gauche) et deux boutons circulaires à l'arrière (L et R). Sa dernière singularité, et non la moindre, réside dans son boîtier à piles. En effet, c'est du jamais vu mais l'alimentation électrique de la console passe par l'intermédiaire de la manette, sans doute pour délester la structure principale.
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Les jeux, quant à eux, se présentent sous forme de cartouches grises, plus plates et plus larges que les cartouches Game Boy. Chacune possède son cache-poussière, censé protéger les connecteurs des agressions extérieures. Les boîtes de jeux sont similaires en tout point aux boîtes de jeux Game Boy.
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