L'usine constitue également un élément plus ou moins récurrent dans le catalogue de titres de Level-5. Ce système avait, en effet, déjà été expérimenté dans Dark Chronicle, et celui de Rogue Galaxy s'appuie sur une logique assez similaire. A l'instar du système de fusion des armes, l'usine n'est accessible que lorsque vous avez passé un certain cap dans l'aventure. Une fois les conditions nécessaires remplies, une nouvelle option apparaît dans le sous-menu, vous permettant de concevoir votre usine de toutes pièces.

Juste après la cinquième mission, vous aurez donc l'opportunité de passer quelques longues minutes dans votre hangar pour en expérimenter toutes les possibilités. L'objectif, au final, est de parvenir à fabriquer divers objets spéciaux en combinant les matériaux que vous avez pu obtenir au cours de l'aventure. A tout moment, vous pouvez modifier l'agencement de votre usine depuis le sous-menu en réorganisant la disposition de vos machines.

L'éditeur vous permet ainsi de placer les différentes installations librement, mais mieux vaut tout de même suivre les schémas obtenus auprès des NPC pour éviter de se perdre dans la relative complexité de ce système. Précisons, pour ceux qui seraient rebutés à l'idée de passer du temps dans cet enfer mécanique, que le recours à l'usine n'est pas du tout obligatoire pour terminer le jeu. Disons que cela constitue plutôt un moyen sympathique et efficace pour obtenir des objets gratuitement.