Le Major Zero (qui se fait appeler Major Tom lors de votre première mission) est le commandant de Snake, qu'il contactera par CODEC pour l'informer des dangers qui l'attendent. Le major ne parle uniquement que quand le besoin s'en fait sentir, exception faite du moment où Snake critiquera James Bond. En grand fan de l'espion anglais, le Major Zero ne laissera pas passer cette infamie et nous expliquera en long et en large les grandes qualités du roman de Ian Flemming. Zero sera d'une grande aide pour Snake et leur duo se fait l'écho de ceux des épisodes suivants (d'un point de vue chronologique) où le major sera remplacé au pied levé par le commandant Roy Campbell ou Hal "Otaku" Emmerich.