En plus du challenge qui vous proposera de trouver une soixante de grenouilles en plastique dans le jeu afin d'obtenir des bonus (comme le camouflage), un autre mode spécial fait son apparition. Les singes de Ape Escape se sont échappés dans plusieurs environnements de MGS 3 et seul Snake semble être en mesure de les arrêter. C'est ainsi qu'armé d'un simple pistolet anesthésiant, vous allez devoir faire le ménage dans cinq niveaux. Le principe de ce Snake Vs Monkey est des plus simples. Chaque niveau recèle un nombre précis de singes qu'il va vous falloir capturer en un minimum de temps.

Si le jeu n'est pas très évolué, il vaut surtout pour son aspect volontairement comique qui met en scène ce vieux briscard de Snake face à des singes déjantés qui n'hésiteront pas à se la couler douce en buvant des daiquiris ou en assistant à des spectacles de danse à la Pulp-Fiction. Question gameplay, on retrouve celui de l'aventure principale même si vous devrez faire attention aux singes qui sont de plusieurs types. Pour être précis, vous devrez vous référer à la couleur de leurs shorts pour connaître leurs spécificités. Par exemple les singes qui portent un short bleu se protégeront derrière un bouclier alors que ceux qui portent un short vert vous lanceront des pierres. De plus, le gyrophare qui est sur la tête des macaques virera du bleu au jaune puis au rouge en fonction de leur degré de méfiance.

Pour couronner le tout, citons un autre petit clin d'oeil à destination des fans, en la personne du commandant Roy Campbell qui vous accueillera dans ce mode afin de vous en présenter les différentes facettes. Voici donc un mini-jeu bien fichu, agréable à jouer et très drôle. Ah, ce Mesal Gear !