Les cartes appelées "Magnus" sont l'élément fondamental de Baten Kaitos. Les êtres qui peuplent cet univers sont doués de la capacité d'extraire ce qu'on appelle la "Magna Essence", c'est-à-dire la nature intime des choses. C'est pourquoi les affrontements se font par l'intermédiaire de combats de cartes au tour par tour, mais pas au sens où on l'entend généralement.

Ici, point de bras de fer entre créatures invoquées au nom de l'âme des cartes. Les Magnus Cards représentent des éléments inanimés, armes, objets, sorts, qui libèrent toute leur puissance sur le champ de bataille. Mais là où le concept devient vraiment subtil, c'est lorsqu'on réalise que la plupart de ces cartes sont évolutives et voient leur rôle changer au cours du temps. Concrètement, on verra ainsi les denrées périssables se pourrir petit à petit, et les objets naturels se dessécher. Ainsi, un régime de bananes cueilli vert devra mûrir avant d'être utilisé pour regagner des forces, mais finira immanquablement par se décomposer. Dans le même ordre d'idées, on pourra chercher à se débarrasser d'une grappe de raisins moisie en la jetant à la face d'un ennemi pour essayer de l'empoisonner.

Cela ne se résume d'ailleurs pas seulement aux items de soutien puisque mêmes les armes, comme les lances en bambou, peuvent résulter du vieillissement d'une écorce dont la fonction initiale était de récupérer des points de vie. On est donc constamment surpris par l'évolution de ses cartes qui semblent dotées d'une vie propre et qui requièrent de toujours garder un oeil vigilant sur son deck pour tirer partie au mieux des effets principaux et secondaires de ses Magnus Cards.