Prendre le temps de construire son jeu et de trier ses cartes dans le sous-menu est un véritable plaisir dans Baten Kaitos. D'abord, tout est fait pour vous faciliter la tâche. Le soin apporté au design des cartes, la lisibilité des menus, les nombreuses fonctions de tri et l'ergonomie de l'interface rendent le tout agréable à personnaliser. Le jeu compte près d'un millier de cartes que vous serez amené à gérer petit à petit, puisqu'il est nécessaire de passer à la classe supérieure pour pouvoir élargir son deck de cartes. Pour cela, il faut entrer dans une sorte de téléporteur symbolisé par une fleur qui vous emmène dans un lieu saint où un prêtre s'occupe de la montée de classes et de niveaux de vos personnages.

Le nombre total de personnages qui constitueront votre groupe étant supérieur au nombre de personnages qui pourront participer simultanément aux combats, il faudra déterminer quel type de deck est le mieux adapté à une situation donnée pour privilégier le style de combat de tel ou tel personnage. A vous donc de choisir à chaque instant trois personnages complémentaires, sachant qu'on peut parfaitement répartir les cartes d'un deck à l'autre comme on le désire, mais que tous les personnages n'ont pas accès à toutes les cartes. Chacun doit en tout cas disposer d'un deck homogène, constitué de cartes d'attaque, de défense et de soutien. Il existe des cartes plus particulières comme les cartes de statut qui améliorent les caractéristiques de vos personnages, les cartes qui ne sont utilisables qu'en dehors des combats, les cartes de fuite ou encore les Blank Magnus. Celles-ci sont des cartes qui représentent les Magna Essence que vous serez amené à récupérer durant votre périple. A vous de choisir lesquelles vous voulez garder, sachant qu'une flamme pourra brûler un arbre encombrant, que l'eau pourra faire pousser des fleurs, mais surtout que les Magna Essence évoluent également comme les autres cartes naturelles, comme les fleurs qui se dessèchent et le lait qui finit par cailler.

On sera également amené à récupérer le parchemin de la généalogie de Quzman que l'on devra montrer à ses descendants pour reconstituer la totalité de l'arbre généalogique. D'autres quêtes annexes pourront ainsi venir se greffer à l'aventure de manière optionnelle. Quant à l'argent, il ne se gagne pas au fil des combats comme dans les autres RPG. Ici, il faudra nécessairement revendre des cartes durement gagnées ou des photos de monstres si vous prenez la peine d'en prendre durant les combats. Pour en finir avec les cartes, on notera également que la quête de nos amis les mènera sur la piste de cinq cartes maudites, les "End Magnus", détenues par de puissants gardiens qu'il leur faudra défier avant que des personnes moins bien intentionnées ne mettent la main sur ces cartes ultra-puissantes.