Il est donc évident que les nombreux changements opérés dans la forme enrichissent considérablement le système de jeu, plutôt que de lui nuire. Ainsi, même si on retrouve le même type de gameplay que dans les épisodes N64, on ne manquera pas d'être surpris par les concepts inédits introduits dans ce nouvel opus. L'une des évolutions les plus marquantes concerne la furtivité. Si par le passé, cet aspect du jeu se limitait à quelques phases de jeu qui faisaient appel à la discrétion, notamment pour infiltrer la forteresse Gerudo dans Majora's Mask ou Ocarina of Time, le concept va désormais beaucoup plus loin puisque l'on dispose d'une véritable panoplie de moyens pour jouer les apprentis Solid Snake dans des forteresses bien gardées. Sans rentrer dans les détails, Link pourra par exemple longer les façades pour épier ce qui se trame derrière un coin de mur, ou tout simplement pour marcher sur une corniche étroite. Il pourra avancer discrètement ou carrément ramper pour surprendre ses adversaires ou saisir des proies pourtant vigilantes comme les irrésistibles cochons qui semblent remplacer les poules dans cet épisode. Les ennemis iront parfois jusqu'à renforcer la surveillance en utilisant des projecteurs pour repérer l'intrus, ce qui permettra à Link d'utiliser des tonneaux pour se cacher dessous et avancer à la manière de Snake sous ses boîtes en carton. Evidemment, il convient de signaler que cet aspect furtif n'intervient que de temps en temps dans l'aventure, l'essentiel du gameplay reposant comme toujours sur l'exploration des environnements, la résolution d'énigmes et les affrontements.
On aura donc plaisir à renouer avec le système de combat légendaire des précédents opus, ce qui permettra aux inconditionnels de retrouver leurs marques très rapidement. On redécouvre l'efficacité du lock-on qui permet de cibler ses adversaires pour leur tourner autour, faire des sauts de côtés pour esquiver leurs attaques, parer à l'aide du bouclier pour se ménager une contre-attaque, effectuer une roulade d'évitement ou un salto arrière pour prendre du recul. C'est un véritable bonheur que de participer à ces joutes qu'il ne tient qu'à nous de chorégraphier de façon superbe en exploitant les nouvelles techniques proposées dans ce nouveau volet. On pourra en effet effectuer de véritables petits enchaînements très simples qui combinent les fentes, les attaques sautées et la technique de la tornade, tout cela de manière très intuitive.
Pour ce qui est de l'interface, le soft fait intervenir le même système de gestion de l'inventaire qu'auparavant, à peu de choses près. Il suffira ainsi de passer par le sous-menu pour associer ses armes et ses objets aux quatre boutons du pad, et de consulter l'écran de jeu pour repérer les interactions possibles à certains moments du jeu. Autre nouveauté, il est désormais possible de s'emparer des armes et des objets que les ennemis laissent parfois tomber sur le sol, et de les utiliser ensuite pour trancher des liens autrement inaccessibles avec la petite épée, ou de se servir des bâtons pour allumer des torches. Le jeu laisse toujours la part belle à la réflexion, et même si l'on retrouve quelques énigmes traditionnelles des précédents opus, on ne manque pas de se laisser piéger par des cas de figure inédits et franchement vicieux. Mention spéciale pour les boss qui témoignent de véritables moments d'anthologie et nous éblouissent par leur dimension impressionnante et leur méthode de résolution toujours très astucieuse.