Tout commence en 1961 à Cuba. Conformément à l'Histoire, le débarquement de la baie des Cochons intervient dans un contexte politique difficile. Des exilés cubains, soutenus par les États-Unis, tentent de renverser le gouvernement en place. L'opération, comme dans la réalité, est un échec total.

Le joueur campe (en grande partie) un agent de la CIA dénommé Mason. Après ce fiasco, le Président Kennedy envoie toute la troupe à Baïkonour dans une base de lancement de fusées soviétiques. Plusieurs personnages historiques apparaissent dans cet épisode, ce qui apporte un peu de crédibilité à l'ensemble du scénario. C'est bien sûr le cas du Président Kennedy mais aussi de Robert McNamara, Secrétaire de la Défense ou encore Fidel Castro. Call of Duty : Black Ops tranche littéralement avec les anciens épisodes, que ce soit au niveau de son atmosphère ou de son scénario.

L'escapade sur les toits de la base avec en guise d'épilogue la destruction de Soyouz 2, ça en jette ! Black Ops conduit ensuite le joueur en 1968 en plein Viêt Nam avant de l'emmener à Kowloon City, un quartier célèbre de Hong Kong. L'ambiance est renforcée par la nuit et la pluie, le tout sur fond de rock bien pêchu. On note de nombreux passages sur les toits, la ville étant parfait pour un level design tout en verticalité.

A partir de la mission 8, et pour le bien du scénario, Black Ops s'essaye à un flashback ramenant au cœur d'octobre 1945. Le changement d'atmosphère est immédiat puisque la mission se déroule au Cercle Arctique sous des températures glaciales. La mission consiste à récupérer un scientifique allemand, créateur d'une arme redoutable : le Nova 6. S'ensuit une montée en puissance du scénario qui nous amène en plein golfe mexicain.

Black Ops, s'il n'est pas considéré comme le meilleur épisode de la série, a amené pas mal d'améliorations dans la narration et demeure un volet agréable et, mine de rien, plutôt dépaysant.