Comme beaucoup d'autres jeux, Clicker Heroes comporte un système de skills. Ces compétences sont au nombre de neuf et sont chacune déverrouillables en augmentant le niveau de certains de vos héros.

A quoi servent-elles ? Leurs niveaux d'utilité sont divers. Certaines de ces capacités augmenteront votre DPS (dégâts par seconde), d'autres les dégâts de vos clicks, d'autres vous permettront de gagner plus d'or, etc. Chacun a donc son utilité propre et c'est en les combinant qu'on obtient le meilleur rendement possible.

Evidemment, cela n'est pas sans contrepartie. D'une part, chaque skill coûte un certain prix pour être débloquée et d'autre part, une fois utilisée, votre compétence ne sera plus disponible durant un certain temps. Autrement dit, il faut que votre pouvoir se recharge. De même, ces capacités peuvent être améliorées de deux manières différentes.

Le première façon d'améliorer vos skills, c'est d'utiliser des reliques ! Que sont les reliques ? Eh bien il s'agit d'items équipables que l'on obtient à partir de la 99ème zone. Pour les obtenir, il faut rencontrer un ennemi du nom de Relic Ooze. Ce dernier apparaît dès la zone 99 jusqu'aux deux tiers de la zone la plus haute que vous avez déjà visitée. Autrement dit, si vous avez été jusqu'à « l'étage 200 », Relic Ooze apparaîtra entre l'étage 99 et le 134. De même, pour que ce monstre apparaisse, il est nécessaire d'en être, au minimum, à sa seconde ascension. Il faut donc avoir recommencé le jeu une fois. Ajoutons à cela qu'il n’apparaît qu'une seule fois par ascension et donc par reset.

Néanmoins, peut-être vous demandez-vous à quoi servent ces objets ? A améliorer vos compétences, certes. Cela a été dit précédemment. Mais ils peuvent augmenter tout un tas d'autres statistiques : vos dégâts, l'or droppé, les chances d'avoir un trésor… De plus, ils ont également un certain niveau, selon la zone où ils ont été obtenus. Cela influe sur le bonus qu'ils vous donnent ! Il existe également un système de rareté lié au taux de drop du boss.