Par unique, il faut comprendre un jeu avec un scénario non linéraire ou avec de multiples fins. En effet, et c'est une première dans la série, suivant les choix des joueurs au cours de la campagne, le dénouement de l'histoire est variable. Cependant, bien qu'il y ait plus d'une dizaine d'embranchements différents, il n'existe en fait que 6 fins indépendantes.

Avant de s'attaquer à l'histoire, il faut noter que le mode Campagne possède quelques nouveautés. En effet, avant chaque mission, vous pouvez choisir l'arme avec laquelle vous voulez démarrer, mais également des atouts qui vous permettent d'obtenir des bonus par exemple, mais aussi des armes inédites. Ces dernières se trouvent à travers les différents niveaux en ouvrant des casiers et des coffres soit, en d'autres termes, en s'éloignant du sentier principal. Le solo va également suivre deux trames distinctes, une dans les années 80 et la seconde en 2025.

Maintenant passons à l'histoire. Comme pour Black Ops, ce qui suit est rempli de spoilers.

Nous sommes en 2025 et c'est un Woods presque centenaire que nous voyons dans un lieu tenu secret, nommé The Vault. C'est à ce moment qu'entrent dans la pièce où il se trouve David Mason (fils d'Alex Mason, évidemment) et Mike Harper (joué par l'acteur Michael Rooker dont les traits du visage ont été utilisés pour créer le personnage). Ces derniers sont venus chercher des infos sur Raul Menendez, un terroriste extrêmement dangereux. Woods confie que l'homme en question lui a rendu visite peu de temps avant leur arrivée et qu'il est prêt à donner les informations qu'il leur faut.

Raul Menendez, quand l'amour est le moteur de la haine.

C'est alors qu'un premier flash-back se lance, dans lequel on retrouve Alex Mason et son fils David âgé de 7 ans en Alaska. Jason Hudson est accompagné de Oliver L. North. Mason ne voit pas d'un très bon oeil l'arrivée de Hudson étant donné qu'il s'était retiré des opérations. Le problème est que Woods est porté disparu depuis plusieurs jours en Afrique. Mason décide alors de porter secours à son ami.

C'est en pleine guerre civile angolaise entre l'UNITA et le MPLA que l'on retrouve ensuite Mason aux côtés de Jonas Savimbi, leader de l'UNITA et personnalité historique. Après avoir réussi à repousser les soldats MPLA, Savimbi indique à Mason et à Hudson qu'un navire se trouvant sur une rivière à plusieurs kilomètres pourrait contenir Frank Woods, mais il leur déconseille de s'y aventurer car il appartient à un trafiquant d'armes du nom de Raul Menendez. Ils décident tout de même de partir à la recherche de Woods et réusissent à le sortir du navire.

En essayant de trouver un moyen de communication, Mason tombe nez à nez avec Raul Menendez. Il le menace, mais ce dernier dégoupille une grenade. Pendant l'altercation, Mason tire une balle vers la tête de Menendez avant de se jeter en dehors du bâtiment qui explose. Alertée par l'explosion, toute la garnison de Menendez se lance à la poursuite de Mason, Hudson et Woods qui sont sauvés de justesse par Savimbi.

En 2025, David et Harper accompagnés de Javier Salazar se rendent au Myanmar pour infiltrer un camp appartenant à Cordis Die, le groupe de Raul Menendez, afin d'en apprendre plus sur son plan d'action. Ils découvrent un employé du groupe Tacitus Corporation, fabricant de drones. Ce dernier leur indique que Menendez a l'intention d'utiliser du Célérium, une terre-rare, pour créer un virus en vue d'une cyber-attaque encore jamais vue. Il leur lâche également un nom : Karma L'employé n'a pas le temps d'en expliquer plus et est tué par les hommes de Cordis Die. David réussi à prendre le Célérium, l'équipe quitte le Myanmar et apporte le Célérium à l'amiral Tommy Briggs.

L'Afghanistan, un terrain qui a peu été exploité dans la série.

On retourne en 1986, en Afghanistan cette fois pendant l'invasion soviétique. Après avoir appris que Raul Menendez vendait des armes dans le pays, Mason, Woods et Hudson y sont envoyés pour rencontrer un contact chinois, Tian Zhao, et en apprendre plus sur l'implication de Menendez. Ils rencontrent un chef moudjahid, Mullah Rahmaan, qui est prêt à leur donner des informations en échange d'armes. Woods préfère proposer une aide militaire directe sur le front mais la conversation est interrompue par une attaque soviétique. Après avoir repoussé l'assaut et être revenu à la base, Mason aperçoit un colossal char d'assaut soviétique se dirigeant dans leur direction. Lors d'un dernier assaut, Mason parvient à détruire le char après avoir croisé à nouveau Lev Kravchenko à l'intérieur.

Woods et Mason réussissent à le capturer, à l'interroger et à le torturer. Mason, commençant à entendre à nouveau les nombres et la voix de Viktor Reznov, peut ainsi tuer ou non Kravchenko. Cette action aura un impact sur la suite. Après la mort de Kravchenko, Rahmaan trahit l'équipe et l'envoie dans le désert. Ils sont finalement sauvés par... Reznov, du moins pour Mason.

Par la suite l'équipe se rend au Nicaragua pour investir la villa de Raul Menendez avec l'aide de Manuel Noriega, le futur dirigeant du Panama. Noriega ordonne d'arrêter Menendez qui est alors présent dans une chambre à côté d'une jeune femme. Lorsque les gardes de Noriega pénètrent dans la chambre et s'attaquent à la jeune femme, qui n'est autre que Josefina, la soeur de Menendez, Raul devint fou et poignarde un des soldats avec un morceau de verre.

Il est finalement capturé, mais libéré par Noriega. Menendez en profite pour l'attaquer, tuer ses gardes et, dans une rage folle, gagner à toute vitesse la chambre de sa soeur. C'est à ce moment que le joueur contrôle Raul Menendez. Arrivé dans le couloir menant à sa chambre, Woods se met à lui tirer dessus sans succès mais envoie une grenade qui atterrit dans la chambre de Josefina. Menendez se jette dans la pièce pour sauver sa soeur mais la grenade explose avant.

On reprend par la suite les commandes de Mason, Woods et Hudson. Ces derniers voient Menendez courir vers sa villa et comprennent que Noriega les a trahis. Fou de rage, Woods se dirige vers la chambre de Josefina, tire sur Menendez et envoie une grenade. En voyant ça, Mason tente de le stopper en plaquant sa main contre le mur, mais la grenade rebondit dans la chambre de la soeur de Menendez. Mason finit par se réveiller dans des ruines et tandis qu'on sort le corps de Menendez des décombres, Hudson déclare que " ce jour n'est jamais arrivé".

On retourne en 2025 où David et Harper doivent infiltrer une place forte au Pakistan pour obtenir des renseignements sur Menendez. Plusieurs choix s'offrent alors au joueur, des choix qui détermineront par exemple si le visage de Harper sera brûlé ou non. Le joueur a aussi la possibilité durant cette séquence d'enregistrer la totalité des conversations de Menendez, révélant alors une possible alliance avec la Chine.

Woods a vieilli, mais il n'en perd pas sa badass attitude.

Après avoir récupéré les renseignements, David et Harper s'enfuient et rencontrent Tian Zhao, devenu général au sein de la "Coalition de Défense Stratégique" présidée par la Chine.

David, Harper et Salazar se rendent ensuite dans l'hôtel Colossus situé en pleine mer pour en apprendre plus sur l'arme nommée "Karma". Pour passer à travers la sécurité, ils sont aidés par Farid, un expert informatique du Navy SEAL. Leur but est d'entrer dans l'ordinateur situé au coeur du complexe et comprendre enfin ce qu'est Karma. Ils utilisent un petit robot pour atteindre l'ordinateur. Après une recherche dans la base de données, il est révélé que Karma n'était pas une arme mais le surnom de Chloe Lynch, présente dans l'hôtel, dans une boîte de nuit.

Arrivé dans la boîte, Harper essaye de convaincre Karma de les rejoindre. Mais avant d'avoir pu y arriver, DeFalco, le bras droit de Menendez, s'introduit avec ses hommes dans le club et commence à tirer dans la foule. DeFalco arrive à capturer Karma mais le joueur peut au choix l'éliminer et la sauver ou le laisser partir avec elle.

La séquence suivante nous place à nouveau en pleine guerre froide, en 1989, pendant l'invasion du Panama. Mason et Woods ont pour mission de capturer Noriega et de détruire sa réputation. Ils parviennent à le capturer mais Hudson leur indique qu'il servira pour un échange de prisonniers près du canal du Panama. Mason se dirige vers le bâtiment ouest et Woods est accompagné de Noriega dans le bâtiment au sud. Woods, contrôlé par le joueur, apprend qu'en fait, le prisonnier n'est autre que Raul Menendez, et Hudson lui ordonne de tirer. Ce dernier s'exécute et tire en pleine tête mais lorsqu'il vient vérifier le corps il découvre qu'il s'agit en fait d'Alex Mason. Il est ensuite pris en embuscade par Menendez qui lui tire dans les genoux et l'assomme. Suivant les informations de Kravchenko, le joueur peut également tirer sur d'autres parties du corps "non mortelles" telles que la jambe ou le bras.

Woods se réveille aux côtés du corps de Mason et découvre David, encore jeune garçon, près du corps de son père, et Hudson attaché à une chaise. Menendez, voulant se venger de la mort de Josefina 3 ans auparavant, égorge Hudson et laisse Woods vivre avec le souvenir de la mort de ses deux amis. C'est ainsi qu'il s'occupe du jeune David.

Le monde de Black Ops II est très technologique.

On se retrouve ensuite en 2025. Farid est infiltré dans une base de Menendez au Yémen en tant qu'agent de Cordis Die afin de gagner la confiance de Menendez et avoir une chance suppplémentaire de le capturer avec l'aide de David et Harper. Cependant, l'un des hélicoptères de support est abattu et Harper est extrait de la carcasse. C'est alors que le joueur a le choix de tuer Harper pour garder sa couverture ou non et de se faire tuer par Menendez. Dans les deux cas, David arrive, parvient à capturer Menendez et l'emmène à bord de l'USS Obama.

On récupère ainsi Briggs et David Patraeus qui accueillent le prisonnier. Il est interrogé par David, mais l'interrogatoire tourne court après une attaque de drone contre le navire, assaut qui permet à Menendez de s'échapper. Dans cette mission, suivant les choix des joueurs, beaucoup de personnages peuvent mourir ou vivre (Karma, Briggs, Farid...). Menendez arrive à entrer dans la salle de commande du navire et y installe un virus pour contrôler tous les drones américains. On découvre que Javier Salazar était en réalité un agent infiltré de Cordis Die travaillant depuis le début pour Menendez, il sera exécuté par David ou Harper.

Les drones américains devenus incontrôlables se dirigent vers la ville de Los Angeles où se retrouvent les présidents et chefs d'Etat du G20. Menendez désire en effet plonger le monde dans le chaos par vengeance. Le but de David est alors de protéger la présidente des Etats-Unis, Marion Bosworth.

Après l'attaque de Los Angeles, David dirige une attaque militaire unissant plusieurs pays contre la base de Menendez en Haïti d'où seraient contrôlés les drones. Arrivé dans la salle de contrôle, il tente sans succès de reprendre possession des drones. C'est alors que Menendez apparaît et les fait s'autodétruire. Il explique que, sans ses drones, l'armée américaine est paralysée. Alors que les membres de Cordis Die lancent un assaut contre David et les forces en présence, ce dernier apprend que Menendez tente de s'enfuir, déguisé en soldat américain. Il atteint un checkpoint militaire et capture Menendez.

La décision finale du joueur est d'abattre ou de laisser la vie sauve à Menendez.

Suivant ce choix ainsi que les précédents, plusieurs fins se débloquent. S'il est tué, une vidéo est mise en ligne sur Internet et une révolution démarre, la Maison Blanche se retrouve alors incendiée. Si Karma est toujours en vie, elle peut craquer le virus de Menendez et empêcher toute attaque. Dans le cas contraire, Menendez réussit à s'échapper de prison grâce à son virus. Il retrouve Woods dans sa demeure et l'exécute de la même manière qu'Hudson. Puis il retourne sur la tombe de Josefina où il s'immole par le feu : sa vengeance est accomplie et il ne peut vivre sans sa soeur. Si le joueur ne tire pas dans la tête de Mason, ce dernier réapparaîtra 36 ans après devant Woods et David''', mais s'il tue Mason, David et Woods se recueilleront sur sa tombe et le premier prendra la décision de quitter l'armée.

Les missions Strike Force apportent quelques nouveautés plaisantes.

En plus de la campagne traditionnelle, des missions Strike Force sont disponibles. Elles apportent de nouveaux choix et de nouvelles chances de sauver des personnages (comme Karma). La particularité de ces missions est qu'elles mélangent le FPS et TPS. En effet le joueur peut contrôler plusieurs unités (soldats, drones, robots).