Way of the Samurai 3 se déroule pendant la période médiévale nippone de l'ère de Sengoku (mi-XVe/début XVIIe). Un samouraï est laissé pour mort sur un champ de bataille dans lequel il a perdu son seigneur et ses compagnons. Se retrouvant ronin (samouraï sans maître), il prend la route et arrive dans la province de Gishu Amana. Celle-ci est sous le contrôle du clan Fujimori, critiqué pour sa brutalité et les taxes dont il écrase ses sujets. Un groupe de ronins s'oppose à cette autorité. Ils sont d'ailleurs devenus des bandits pour survivre. Un troisième et dernier pouvoir est en place, celui des habitants du village de Koshu.

Comme les épisodes précédents, le jeu place le héros au coeur d'un conflit latent entre ces trois factions. Le pouvoir actuel officiel (le clan Fujimori), l'ancien pouvoir officiel représenté par les ronins/bandits de grand chemin, et le pouvoir en devenir, celui des villageois. Cette dernière n'a aucun pouvoir ni reconnaissance officielle, mais dans les faits, elle commence à revendiquer plus d'autonomie et de pouvoir en s'appuyant sur la puissance qu'elle acquiert par ses moyens financiers. Le ronin que vous incarnez doit choisir auquel de ces trois pouvoirs il décide de prêter allégeance. Il devra ensuite défendre et protéger ce pouvoir, car sa montée en puissance signifiera aussi une amélioration de sa situation. Mais Japon oblige, le pragmatisme triomphe souvent, et il peut renier ses engagements à n'importe quel moment pour rejoindre un autre groupe.

L'action est très présente. Les combats au sabre, bien sûr, mais également les bastons avec toutes les armes tranchantes et contondantes médiévales nippones. En tout, le jeu contient une centaine d'armes (de la lance à l'arc en passant par la dague), même si l'arme la plus employée, reste le katana. Il est même possible de se faire construire son propre sabre par le forgeron et les artisans du village. Pour cela, il faudra leur apporter les 4 pièces composant un sabre (lame, garde, fourreau et poignée). Il est possible d'acquérir ces pièces en se servant sur les armes de ses adversaires, mais vous pouvez aussi les acheter dans un des magasins du village. Et comme pour les katanas de qualité japonais, le joueur pourra lui donner un nom, c'est-à-dire une âme. Il pourra même lui assigner des mouvements en se basant sur un style d'escrime, position haute de la lame, moyenne, basse ou style Ninja.

Les développeurs ont par ailleurs introduit de nouvelles fonctions qui améliorent l'interactivité du jeu. Il est désormais possible de tirer sa lame hors de son fourreau durant une séquence cinématique. Ce qui revient à menacer de mort son interlocuteur. La cut-scene est alors interrompue et le combat s'engage. Et si un combat tourne à son désavantage, avant de se faire couper la tête, le joueur ou les NPC peuvent s'incliner pour implorer la pitié de leur adversaire. Le jeu comprend plusieurs fins possibles, le cours de l'histoire étant influencé par les décisions du joueur et son succès lors des combats. Bref, la rejouabilité promet d'être importante et de donner un peu plus d'intérêt à ce titre intéressant.