L'univers de Coded Soul mêle haute technologie et créatures démoniaques. Le joueur incarne Jay, un militaire qui part dans le monde virtuel des Idées à la recherche de sa petite amie. Celle-ci a disparu au cours d'une expérience scientifique menée par des militaires américains. Dix ans auparavant, une mystérieuse pierre colossale a été ramenée du fond des océans dans les filets d'un bateau de pêche. Depuis, l'armée américaine mène discrètement une série de recherches dans une base isolée pour essayer de comprendre la composition et la provenance de ce monolithe. Les chercheurs découvrent qu'il ne vient pas de notre monde, et pensent qu'il s'agit d'un passage reliant la Terre à un autre univers. Lors de la première tentative d'ouvrir un passage vers cette autre dimension, les choses tournent mal. Un adolescent en chaise roulante, hacker aux pouvoirs paranormaux, qui travaille avec les scientifiques pour essayer de faire fonctionner la "porte", décide de rejoindre l'autre monde malgré l'ordre des militaires de ne pas le faire. Dans l'échauffourée qui s'ensuit, l'amie de Jay est touchée par des coups de feu. L'adolescent la prend avec lui avant de disparaître dans le bloc de pierre. C'est lui qui désormais en contrôle le passage. Il ne laissera passer que Jay, qui décide de se lancer à la recherche de sa bien-aimée.

Le monde dans lequel débarque Jay est constitué de vastes étendues hantées par des créatures agressives. L'adolescent lui apparaît de temps en temps sous la forme d'un fantôme ou d'un hologramme, pour l'aider dans sa quête. Il lui révèle qu'il se trouve dans le monde de l'imaginaire, des Idées. Il transforme l'arme à feu de service de Jay, d'aucune utilité contre les monstres de cet univers, en un sabre. Les combats se déroulent en effet à l'arme blanche. Jay peut mener ses attaques à distance ou bien au corps-à-corps. Il dispose aussi de combos et peut associer une créature à une attaque portée avec son arme pour en renforcer les dommages. Au cours du jeu, il s'emparera de différentes autres armes (sabres, lance, marteau...).

Grâce à l'adolescent hacker, Jay peut prendre possession des monstres qu'il a battus, pour les forcer à devenir ses coéquipiers. Le choix est vaste, car Coded Soul comprend plus de 100 espèces de créatures, mais seules 2 d'entre elles peuvent être enrôlées. Le jeu permet de les personnaliser en profondeur. Grâce au "Karma" récupéré sur le corps des adversaires à la fin d'un combat, on peut faire bénéficier ses 2 compagnons de route de nouvelles aptitudes au combat. En outre, la victoire dans les combats apporte des "Cells" que l'on répartit entre les membres de son équipe pour améliorer leurs techniques de combat (attaques, défenses, force physique...). Bref, on espère vivement que le titre arrivera un jour en Europe.