Le début de Zelda Gaiden commence quelques mois après la défaite de Ganondorf dans Zelda 64 et même s'il ne s'agit pas réellement d'une suite, les 2 jeux ont tout de même beaucoup en commun. Link se retrouve donc coincé dans un monde parallèle menaçant dans lequel il rencontrera Malon, Ingo et Zelda mais les personnages seront quelque peu différents et pourront même jouer des tours à Link.

Autre différence: alors que dans Zelda 64 il fallait que Link trouve des objets pour devenir plus fort, atteindre des endroits inaccessibles ou encore courir plus vite, dans Zelda Gaiden la plupart de ces objets seront remplacés par des masques aux fonctions multiples: non seulement chaque masque vous permettra d'augmenter certaines des capacités de Link (pouvoirs magiques, force...) mais celui-ci prendra aussi l'apparence du masque qu'il porte. C'est ainsi que Link pourra se transformer en Goron (Goron Mask), en Deku Scrub (Deku Scrub Mask) ou encore prendre l'apparence de Zora (Zora Mask). Cela permettra à Link de soulever des pierres très lourdes, de s'envoler grâce à certaines fleurs ou encore de pouvoir aisément nager sous l'eau sans pour autant avoir besoin de tuniques spéciales.

Mais Link devra faire vite puisque le temps lui est compté: dans Zelda Gaiden le jeu se passe en temps réel (avec une évolution du temps, du lever au coucher du soleil identique à celle de la vie réelle...) et Link devra faire vite pour éviter la catastrophe. Il pourra acheter du temps mais cela ne sera que du surcis puisque l'horloge géante est là pour lui indiquer le temps qui s'écoule avant que la Lune n'atteigne Hyrule...

Il existera plusieurs nouveautés dans Zelda Gaiden. Tout d'abord les masques que nous venons d'évoquer, le jeu qui se déroule en temps réel, mais aussi de nouveaux mondes tels qu'une nouvelle forêt enchantée, un village enneigé dans les montagnes ou encore un marais malodorant...

Tout comme pour Donkey Kong 64, Zelda Gaiden utilisera impérativement le pack mémoire afin de proposer des décors plus détaillés tout en gardant une certaine fluidité (plusieurs monstres dans la même pièce, des forêts plus denses, des textures plus nombreuses...). La sortie du jeu est prévue pour la fin 2000 et il reste à espérer que les ressemblances avec Zelda 64 ne seront pas trop importantes et que la présence réduite de Shigeru Miyamoto dans le développement de Zelda Gaiden ne portera pas préjudice au jeu.