Avant d'aider Luigi à s'enfuir du vaisseau, enregistrez votre progression sur le livre de sauvegarde qui se trouve en haut de la pièce. Dans la salle de droite, vous devez électrifier deux sphères bleues pour faire apparaître un bloc qui contient un pois Uf. Descendez l'escalier à droite, récupérez le super champi et électrifiez à nouveau trois sphères bleues pour faire apparaître un autre bloc contenant d'autres pois Uf. Dans la salle suivante, récupérez la super noisette et les deux super champi avant de sortir par la gauche. Il a encore trois autres sphères à électrifier et d'autres pois Uf à récupérer dans cette nouvelle salle. Vous pouvez enregistrer votre progression sur le livre de sauvegarde avant de sortir par la gauche. Vous voilà dans la salle où est emprisonnée la Végétoile. Il vous suffit d'électrifier la sphère bleue qui se trouve là pour vous emparer de la Végétoile. Luigi n'hésite pas à sauter dans le vide pour s'enfuir, Bowsémona sur ses talons.
On retrouve alors le Prince Harik qui s'empare de la Végétoile alors que Luigi perd son parachute et s'écrase sur lui. Tandis que Peach et Mario attendent Luigi au point d'atterrissage prévu, celui-ci s'écrase plusieurs mètres plus loin alors que le Prince Harik atterrit en douceur au point de chute prévu avec la Végétoile. Luigi s'enfonce alors dans les sables mouvants du désert de la vallée Hihi, faisant remonter un bloc point d'exclamation à la surface. Dès que vous avez repris le contrôle de Mario, faites le tour par le nord-ouest pour atteindre le bloc et frappez-le. Cela libère un passage non loin et déclenche une scène où l'on voit Luigi encore en mauvaise posture. Avec Mario, empruntez le passage nouvellement ouvert au nord, puis sortez à gauche. Allez jusqu'au tuyau jaune qui se trouve au nord-ouest de cette zone et pénétrez à l'intérieur. Dans le souterrain, allumez la torche pour ouvrir la porte nord et franchissez-la. Après le livre de sauvegarde, vous retrouvez Luigi ligoté. Brûlez ses liens pour le libérer et faire venir Pargne et son acolyte Birdo. Le combat est inévitable.
BOSS : Pargne et Birdo
Le mieux est de commencer par éliminer Pargne en déchaînant des attaques en duo. Vous pouvez repousser ses assauts avec le marteau. Birdo attaque en lançant des oeufs enflammés. Vous devez sauter au bon moment pour les éviter. Vient un moment où Birdo essaye de protéger Pargne. Elle l'avale et lance alors des oeufs qui vous foncent dessus. Vous devez les repousser un à un avec vos marteaux. Il s'agit ensuite de deviner dans quel oeuf se cache Pargne afin de le faire sortir en sautant dessus. Recommencez ensuite la démarche comme auparavant. Lorsque vous avez vaincu Pargne, Birdo devient très en colère et tente de vous aspirer. Repoussez-la au bon moment avec le marteau. Elle vous lancera aussi toute une série d'oeufs enflammés qu'il faudra éviter en sautant avec un très bon timing.
Une fois le combat terminé, Mario et Luigi sont prêts à partir. Empruntez le tuyau jaune au nord-est de la salle pour arriver à l'entrée de la vallée Hihi. Dirigez-vous au sud et suivez les panneaux pour retrouver le chemin du château. Malheureusement, à votre arrivée, vous constatez que la ville de Végésia est entièrement détruite. Dans le château, la reine vous informe que Bowser bombarde actuellement les environs de Végésia, si bien que le château va tomber en miettes. Revenez parler à Mamirico dans la salle du trône. Vous devez à présent trouver quelqu'un qui soit capable de voler : le psuranodon. Faites les boutiques, puis quittez la ville de Végésia en empruntant le tuyau de téléportation vers le Plateau Stella en 1. De là, vous devez faire tout le trajet habituel pour rejoindre le village Uf où se trouve le psuranodon. Si vous êtes prêt, il décolle et vous conduit directement au château de Bowser.