Masyaf
Statut : Assassiner Al Mualim
De retour à Masyaf vous rencontrez le seul habitant qui rode dans le village et qui parle bizarrement. Dirigez-vous ensuite vers la forteresse. Vous rencontrez un groupe de soldats qui, normalement sont vos frères. Ils vont vous attaquer comme s'ils étaient possédés ou sous l'emprise d'un sort. Eliminez-les jusqu'à l'arrivée de Malik qui se rallie à votre cause. Continuez votre route entre les habitants figés devant la grande porte et entrez. Allez vers les jardins, à l'arrière de la forteresse où vous serez piégé par Al Mualim.
Il apparaît sur le bacon et fait apparaître tous les templiers assassinés par vous. Il faudra les abattre à nouveau. Contrez leurs attaques et butez-les, ils ne sont pas très difficiles à éliminer.
Ensuite, votre ancien maître décide de vous affronter, mais avec l'aide de l'orbe d'Aden il se multiplie et vous encercle. Commencez par éliminer ses doubles, ils vont disparaître complètement après la mort de quelques uns d'entre eux.
C'est l'heure du face à face, l'élève contre le maître. Dans cette phase, il vous suffit de lui donner un coup pour le faire disparaître. Il réapparaîtra au loin, dans le jardin inférieur. Suivez la lueur de l'orbe pour le localiser. Quand votre barre de synchronisation diminue et que la vue devient floue, un seul coup de la part de votre ennemi peut vous tuer. Pour refaire apparaître votre barre de synchronisation, avant de vous approcher de Al Mualim, lancez-lui vos couteaux puis affrontez-le. Suivez-le dans ses déplacements jusqu'à l'achever. Vous êtes l'élève qui a dépassé le maître. Ecoutez ce qu'il a à vous dire puis approchez-vous de l'orbe qui se trouve par terre. Malik et ses hommes vous rejoignent pour assister à la projection issue de l'orbe, la carte désigne l'emplacement des trésors cherché par les templiers. C'est pour cela qu'ils ont utilisé la mémoire génétique de Desmond, le descendant des assassins.
Vous revenez une fois pour toutes dans le monde réel. Le travail de Vidic est terminé et ses patrons décident d'achever Desmond. Lucy intervient et suggère de vous garder vivant comme garantie. Après la conversation, Desmond découvre qu'il possède le pouvoir de vision d'aigle des assassins et découvre plusieurs écritures sur le sol et les murs tracées avec du sang. Allez dans votre chambre pour découvrir d'autres écritures dans toutes les langues. La fin du jeu annonce le début d'une nouvelle aventure.