Sur place, rendez-vous chez le dieu de la guerre puis allez parler au vieil homme. Allez ensuite vers le pilier pour que l'homme vous rappelle et vous offre Chrono Trigger. Il vous demande de solliciter le créateur des ailes pour qu'il le fasse éclore (il s'agit d'un Œuf du Temps). Allez donc vers le Dôme de Prométhée (An 2300) et de là visitez le Dôme du gardien (vous connaissez le chemin). Lorsque vous y êtes, franchissez la porte noire et prenez la Gélule de magie. Franchissez ensuite une deuxième porte noire pour tomber nez à nez avec le Gnu qui possède l'esprit de Gasch. Ce dernier vous demande d'aller chercher un clone de Chrono (la poupée que vous aviez gagnée au présent dans la tente des horreurs et qui est dans la maison de Chrono). Rapportez donc ce clone et parlez à Gasch. Ce dernier effectue quelques manipulations qui vous aideront dans votre quête. Sortez donc et allez à la Cime de la Mort.
Dirigez-vous vers la poupée n° 1. Suivez son conseil et avancez dès que le vent cesse de souffler pour passer d'un arbre à l'autre. Au bout du troisième arbre, vous verrez une échelle. Utilisez-la pour monter et prenez à droite. Montez à une deuxième échelle et prenez à nouveau à droite. Avancez en éliminant les ennemis jusqu'au croisement. Descendez d'abord pour prendre le contenu du coffre (Bague barrière) puis sauvegardez. Rebroussez chemin et entrez dans la grotte. Vous trouverez un clone de Lavos, éliminez-le. Prenez le contenu du coffre et avancez. Prenez à gauche vers le point lumineux pour ouvrir un passage dans les grottes.
Rebroussez chemin jusqu'à l'endroit du combat contre le clone de Lavos et franchissez la porte. Montez les escaliers et avancez. Franchissez une deuxième porte et affrontez un deuxième clone de Lavos. Battez-le et avancez jusqu'à la poupée n°2. Traversez la plateforme sans tomber (ou vous devrez tout recommencer). Une fois de l'autre coté, descendez et vous trouverez la dernière poupée. Ecoutez le conseil qu'elle vous donne et descendez. Avancez vers la gauche puis descendez et sauvegardez. Remontez ensuite et affrontez le troisième clone de Lavos. Une fois vaincu, déplacez sa carapace vers l'échelle et montez. Prenez le contenu du coffre et montez encore jusqu'au sommet. Regardez la cinématique qui répond à quelques unes des questions que vous vous posiez avant de vous retrouver à la Fin des temps.
Fin Des Temps
Parlez à Hasch, il évoque les trois possibles chemins qui vous permettront de vous rendre auprès de Lavos et le combattre ; vous pouvez utiliser le portail et aller vers l'an 1999 où vous pourrez combattre votre ennemi. Vous pouvez utiliser l'Ibis et vous y rendre aussi. La troisième possibilité consiste à traverser le Songe Obscur (cette dernière possibilité est obligatoire pour débloquer le mode "+").
Parlez ensuite à Gaspar pour qu'il vous énonce les six missions secondaires que vous pouvez effectuer avant de passer à Lavos (vous avez le choix mais vous devriez les faire pour augmenter votre niveau) :
1- Ramenez la forêt à la vie
Cette quête se déroule au Moyen-âge. Il s'agit de la jeune femme (Fiona) à qui vous aviez conseillé de planter l'arbre (dans le cas contraire, vous ne pourrez pas finir cette mission).
2- Le Retour D'Ozzie
Cette quête se déroule aussi au Moyen-âge. Vous devrez visiter la grotte et éliminer de nombreuses créatures avant d'affronter Ozzie et le tuer. En cours de route, vous amasserez des objets très utiles pour votre combat contre Lavos.
3- L'Origine des Machines
Cette quête se déroule en l'an 2300. Vous devez éliminer Cerveau Mère et trois Moniteurs.
4- Les Fils du Soleil
Cette quête commence en l'an 2300. Vous devez transformer la Pierre Obscure en Pierre du Soleil. Visitez les ans 600 puis 1000 (par deux fois) puis revenez à l'an 2300 pour obtenir un Pistolet Miracle et des Lunettes de Soleil.
5- Vengez Sir Cyrus
Cette quête commence en l'an 1000. Voyagez entre les ans 600 et 1000 jusqu'à rencontrer le Lanceur de pierres et obtenir la Pierre Dorée (perso principal : Gren).
6- Le Coquillage Arc-en-ciel
Cette quête se déroule au Moyen-âge. Trouvez le coquillage qui permet à Bosch de créer de nouvelles armes.