Pour vous rendre chez Lex Luthor rapidement, prenez le contrôle de Superman et suivez le marqueur aérien jusqu'au déclenchement de la cinématique. Détruisez la structure dorée à l'étage pour forcer le robot réceptionniste à quitter sa cachette. Récupérez la combinaison de Batman et lancez des bombes sur le robot dès qu'il est étourdi afin de l'anéantir. Pour rejoindre l'étage supérieur, désactivez le système d'alarme avec Superman (connectez les tuyaux pour fermer le circuit électrique).
A l'étage, détruisez les briques argentées avec des bombes. Fabriquez le levier nécessaire à l'ouverture de l'ascenseur puis grimpez à l'intérieur. Détruisez ensuite les briques argentées et dorées pour obtenir la combinaison anti-chocs de Batman. Désactivez le champ de force puis récupérez la super combinaison pour détruire les blocs suivants et pouvoir actionner le tapis roulant. Lancez une bombe sur le tapis pour faire exploser les tuyaux et désactiver le champ de cryptonite.
Vous voici arrivé tout au fond de la salle. Découpez la porte dorée avec la vue laser de Superman et tirez le levier pour pouvoir accéder à l'ascenseur.
Cassez la brique dorée pour pouvoir récupérer la combinaison détectrice de Batman. Activez l'invisibilité et activez le levier protégé par la caméra de surveillance. Attendez que le tapis roulant se mette en marche puis appuyez sur le bouton poussoir sous la bulle verte pour éliminer le vaisseau ennemi. Répétez l'opération jusqu'à ce que les gardes brisent la vitre, vous laissant ainsi le champ libre pour monter à l'étage supérieur par la bouche d'aération.
Détruisez les briques dorées de part et d'autre pour couper l'arrivée de gaz cryptonien.
Au deuxième pylône, activez le levier pour permettre à Batman de progresser. Allez chercher la combinaison Chauve-Souris tout au fond de la salle. Revenez sur vos pas, et brisez la paroi en verre pour stopper le gaz.
Dans la dernière salle brisez le bloc Lego pyramidal avec Superman et positionnez-vous sur le bouton poussoir. Utilisez ce tremplin de fortune pour traverser la bulle de cryptonite avec Batman Chauve-souris. De l'autre côté, brisez la paroi de verre pour accéder à la salle de contrôle et désactiver le cristal de cryptonite. Découpez la plaque dorée et traversez le tunnel avec Superman.
Une fois de l'autre côté, éliminez les sbires et déverrouillez la porte avec la vision laser de Superman. Entrez dans la salle de contrôle, détruisez le décor pour fabriquer les sièges qui vous permettront de contrôler un mecha à distance.
Pour vaincre le robot adverse, esquivez ses charges et frappez-le lorsqu'il est étourdi.
Une fois le robot abattu, reprenez le contrôle de Batman et Superman. Pénétrez dans la salle de contrôle, brisez les parois de verre avec Batman et faites exploser la paroi dorée avec Superman.