Progressez vers la droite jusqu'à rencontrer Indiana Crag, puis passez ensuite dans le tuyau. Dans ce nouveau secteur, vous trouverez une porte verrouillée et un point de sauvegarde un peu plus loin. Rendez-vous au bout du parcours pour emprunter ensuite le plus petit des tuyaux. Dans cette nouvelle partie de niveau, après avoir passé le tuyau de la plante carnivore, vous vous trouverez sous 7 blocs interrogatifs, dont 4 à gauche et 3 à droite. Frappez alors les briques du dessus pour révéler une échelle. Elle vous mène à un endroit rempli de pièces, puis en revenant à l'étage du dessous, revenez quelque peu en arrière pour pénétrer par une porte en bois, à gauche de laquelle vous aurez un précipice, puis un tuyau à droite. Entrez alors dans ce wagonnet puis démarrez le parcours pour ensuite passer en mode 3D et bien prendre à gauche lorsque vous verrez bientôt le chemin se séparer en deux. Ceci vous mène à une porte en bois à droite de laquelle vous devrez sauter avec Peach vers le côté droit. Vous trouverez ainsi un des assistants d'Indiana.

Revenez ensuite pour franchir la porte en bois (via l'échelle cachée dans le bloc de gauche) et reprendre le wagonnet, en sachant que vous ne trouverez rien à l'étage inférieur de cet endroit. Reprenez cette porte pour rejoindre la caverne principale et poursuivre entièrement à droite, mais avant cela, vous pouvez pénétrer dans le tuyau tout de suite sur votre droite, afin de détruire un gros bloc jaune (après flip 3D) dans ce secteur et aller récupérer un Soda champi. En revenant, vous trouverez bientôt en poursuivant sur la droite, un gros rocher qui cache une porte en bois. Faites-le donc sauter avec Bombi et passez cette porte derrière laquelle vous pourrez récupérer des pièces supplémentaires, via un flip 3D. De retour dans la caverne principale, poursuivez jusqu'au gros bloc jaune à détruire pour révéler une nouvelle porte en bois. Derrière celle-ci, placez-vous dans ce wagonnet et laissez-vous guider jusqu'à la prochaine porte. Dans cette nouvelle pièce, avancez jusqu'à vous trouver en bas à droite et changez ensuite de dimension pour pénétrer dans une alcôve et récupérer la carte "Hanya". Revenez ensuite pour monter à l'étage et détruire le mur de blocs marron qui, une fois passé en 3D, se révèle être fait de briques. Vous trouverez ensuite en haut à droite le deuxième assistant d'Indiana.

Maintenant que vous avez retrouvé ses deux assistants, revenez parler à Indiana au début du niveau, en reprenant le wagonnet dans un premier temps, en traversant la caverne principale vers la gauche jusqu'au tuyau par lequel vous étiez entré, puis vous le trouverez enfin après avoir passé le tuyau en haut à gauche de cette salle où se situe le point de sauvegarde. En guise de remerciement il vous remettra une clé qui vous servira à ouvrir la porte verrouillée de la salle suivante. Laissez-vous ensuite transporter par le wagonnet pour aboutir dans une pièce contenant un bloc jaune à détruire avec le marteau, ce qui révélera ainsi un bloc "?" vous donnant une étoile. Détruisez tout sur votre passage en allant vers la droite, puis vous croiserez en cours de route un nouveau bloc jaune à marteler, ce qui révélera une porte vous permettant d'atteindre le bloc de fin de chapitre.