Lorsque vous pénétrez dans la tour du Salut, vous apprenez que Kratos est en fait un membre du Cruxis, et vous devez l'affronter. Ne sera-t-il donc jamais plus de la partie ? Eh bien, si, mais à une condition. Lorsque vous aurez guéri Colette de sa malédiction, après avoir vaincu les esprits originels à Tesséha-llà, vous retournerez dans la maison d'Altessa. Après la cinématique, il faudra aller à Flanoir chercher un médecin. Lorsque trois de vos membres seront partis, vous serez seul dans une chambre, et vos amis viendront vous rendre visite. Refusez de discuter avec eux, puis Lloyd sortira de sa chambre, et une discussion avec Kratos commencera. Lorsque vous irez ensuite à la tour du Salut de Tesseha-llà, vous n'affronterez pas Kratos, comme c'était normalement prévu, mais ce sera Zélos qui sera votre ennemi. Une fois qu'il sera mort, continuez normalement le niveau jusqu'à affronter Yggdrasil et Pronyma. C'est là que Kratos se joindra au combat. Vous ne le récupérerez définitivement dans votre équipe qu'après avoir battu Origin.