La plupart des cristaux s'obtiennent en éliminant les boss du mode Chaos Shrine. La distance parcourue durant la phase de Field déterminera le boss que vous affronterez. Si vous allez au-delà du panneau, vous affronterez les boss 2 ou 3. Le boss n°3 donne presque toujours un cristal. Pour aller loin, privilégiez les personnages ayant une bonne agilité. Durant la phase de Battle, vous devez éliminer les ennemis qui précèdent le boss avant de pouvoir l'affronter. Pour le vaincre rapidement, équipez vos personnages de leur Limit Break (technique obtenue quand un personnage atteint le niveau 40). Si vous vous débrouillez bien contre les deux premiers ennemis, ce sera le boss n°3 qui apparaîtra. Sinon, ce sera le boss n°2. Il est possible de battre un boss plusieurs fois dans une même musique, et à chaque fois vous pourrez récupérer un de ses drop.