Après que Zadornov ait été tué, une nouvelle extra-ops se débloque. Vous devrez affronter le Metal Gear ZEKE, commandé par Paz. La difficulté du combat se fait selon les caractéristiques de votre Metal Gear ZEKE, donc si vous l'avez bien amélioré avant de le combattre, ça risque de sentir le roussi pour vous. Il est donc conseillé, si vous n'y arrivez pas, de retirer tous les équipements du Metal Gear avant de le combattre (enlever le radome, l'armure, le jetpack et remettre la tête du metal gear ZEKE si vous l'aviez changée pour une tête de Pupa, de Cocoon, de Chrysalis ou de Peace Walker, et remettre les jambes du Metal Gear Zeke à la place de celles du Peace Walker si vous les aviez récupérées). Le combat deviendra alors un jeu d'enfant pour peu que vous ayez une bonne armure et de bons lance-roquettes. Après que vous ayez battu le ZEKE, une cinématique s'enclenchera, donnant accès à une extra-ops de plus permettant de vous entraîner contre votre ZEKE sans pour autant lui infliger de dommages.