En plus des mondes que vous allez traverser, vous pouvez aller dans des niveaux dits secrets. Suivant le niveau, vous pouvez découvrir des items que vous ne trouverez nulle part ailleurs.

Château hanté

Accessible depuis le monde de la Jungle et lorsque "les morts vivants sont de sortie". Trouvez la tombe royale, et faites-la exploser, depuis la couronne, faites-la de nouveau exploser pour trouver l'entrée secrète.

Dans ce niveau vous trouverez le "bouclier" qui vous protégera et qui permet de pousser les ennemis contre les murs pour les tuer, par exemple.

Le ver

Accessible depuis le monde de la Jungle et depuis n'importe quel niveau composant ce monde. Il vous faut trouver tout d'abord la damoiselle. Une fois que vous l'avez, il vous faut trouver "les glandes rouge orangé", qui sortent des murs. Lâchez la damoiselle dessus et attendez. Vous serez alors mangé par un ver géant et serez dans son estomac. Vous y trouverez un couteau sacré qui remplace le fouet.

Le marché noir

Accessible depuis le monde de la Jungle, l'entrée est cachée dans un niveau de façon aléatoire. Pour le localiser il vous faudra l'oeil d'Oudjat, celui-ci se mettra à briller quand vous vous approcherez de l'entrée, vous n'aurez qu'à faire exploser le décor pour la révéler. Vous y trouverez l'Ankh (50 000$), qui, quand vous mourrez, vous ramène à la vie avec 4 coeurs et à l'entrée du niveau. Utile pour avoir accès aux enfers.

Vaisseau mère

Accessible depuis le monde de la caverne de glace, niveau 4. Prévoyez des cordes pour y entrer. Ce niveau est particulièrement difficile, mais si vous arrivez à terrasser la Reine extraterrestre, vous pourrez obtenir le canon à plasma.

La cité d'or

Pour y accéder il vous faut d'abord remplir plusieurs pré-requis, à savoir qu'il faut l'Hedjet,le sceptre, et trouver la porte d'or.

Pour avoir l'Hedjet, il faut avoir en sa possession l'Ankh (que vous obtiendrez au marché noir contre 50 000$), ensuite dans le monde de la caverne de glace (le niveau où vous trouverez la statut est aléatoire) vous trouverez une grosse tête bleue, il vous faut mourir à côté d'elle pour pénétrer à l'intérieur et obtenir le sceptre.

Vous garderez tous vos objets, sauf ce que vous portez dans la main, à savoir le fusil à pompe. De plus, ça ne sert à rien d'arriver devant cette statue avec plein de coeurs, car vous repartirez avec 4 coeurs. Et petite astuce, quand vous sauvez la damoiselle, peu importe à quelle sortie vous l'amenez et laquelle vous prenez, vous aurez le droit au coeur supplémentaire, donc sauvez-la avant de vous tuer pour être à 5 coeurs.

Pour le sceptre, il vous faut tuer Anubis qui se trouve au Temple, premier niveau. Il est assez dur à tuer, puisque le corps à corps, vous est impossible, car si vous êtes touché une fois, vous êtes mort. Si vous avez la chance de trouver un fusil à pompe, vous y viendrez à bout facilement, sinon, la meilleure solution est d'utiliser les bombe, avec de la colle. Une fois tué, ramassez le sceptre, il vous tuera tous vos ennemis d'un coup.

Généralement, la porte d'or, se trouve au niveau suivant. Trouvez-la et vous accèderez à la cité d'or. Vous y trouverez le livre des morts et, dès que vous le ramasserez, Anubis II apparaitra.

Les enfers

Là aussi il y a quelques pré-requis, à savoir être allé à la cité d'or et avoir récupéré le livre des morts. Ensuite, il vous faudra tuer Olmec à l'endroit où se trouve la porte menant aux enfers pour s'en servir de plateforme pour accéder aux enfers. À savoir que quand vous vous trouvez au-dessus de la porte, le livre tremble fortement.

Au premier niveau des enfers vous trouverez Vlad, un ennemi quis quand vous l'aurez tué, vous donnera sa cape et, dans un bloc, à côté, vous trouverez l'amulette de Vlad qui protège son porteur du feu.

Au niveau 4 des enfers, vous aurez affaire à un nouveau boss, Yama. Pour le vaincre, il faudra d'abord détruire ses deux mains, puis sa tête. Quand les deux mains seront détruites, sa tête se mettra à virevolter partout dans le niveau.