Lors de vos sessions sur Metal Gear Survive, vous pourrez parfois tomber sur des missions secondaires dont le principal intérêt sera de faciliter votre partie actuelle. Ces missions sont complètement optionnelles donc ne vous inquiétez pas si vous en manquez une.

Les missions secondaires sont disponibles entre chaque vague d'ennemis. Elles peuvent vous demander de récupérer des ressources, de l'équipement ou de tuer un ennemi. La plupart des récompenses sont des objets qui faciliteront votre partie comme du C4, des munitions ou un Walker Gear (sorte de petit véhicule blindé lourdement armé). Suivez simplement les objectifs bleus sur la mini-map pour vous rendre sur le lieu prévu à l'objectif secondaire.

Ces missions comportent parfois des ennemis très dangereux et au niveau plus élevé que la moyenne. N'hésitez donc pas à jouer la furtivité ou à les effectuer en groupe.